Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 527,750 | G→A | 5.9% | intergenic (‑73/‑157) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 527,750 | 0 | G | A | 5.9% | 1203.1 / 40.3 | 337 | intergenic (‑73/‑157) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (156/161); new base A (7/13); total (163/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TCGTTCTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGG > CP009273/527603‑527898 | tCGTTCTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGAt > 1:3808758/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAAcc < 1:322966/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATAATAAcc < 1:514565/150‑1 (MQ=255) tCTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATAATAAcc < 1:3826909/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAAccc > 1:1434690/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCt > 1:1006230/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCt < 1:4147519/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTg > 1:4950029/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGt < 2:696079/150‑1 (MQ=255) gCTTTTGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTc > 1:634393/1‑150 (MQ=255) tttGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAAt < 1:4445968/150‑1 (MQ=255) ttGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAAtt < 1:4999948/150‑1 (MQ=255) ttGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAAtt < 2:2046235/150‑1 (MQ=255) tGAAAAACTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAAttt < 1:768961/150‑1 (MQ=255) aaaCTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTgg > 1:2896611/1‑150 (MQ=255) aaaCTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTgg < 2:3308569/150‑1 (MQ=255) cTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACt > 2:2599989/1‑150 (MQ=255) cTTCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATAATAACCCTGTTCAATTTGTGGACt < 1:5440607/150‑1 (MQ=255) ttCCTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTa < 2:566404/150‑1 (MQ=255) cTGTTTCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAAt > 1:2983563/1‑150 (MQ=255) tttCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTa < 1:2476423/150‑1 (MQ=255) tttCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTa > 1:3958720/1‑150 (MQ=255) ttCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAg < 1:3329505/150‑1 (MQ=255) ttCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAg < 2:104589/150‑1 (MQ=255) tCAGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGt > 1:2304476/1‑150 (MQ=255) aGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGttt < 1:470710/150‑1 (MQ=255) aGCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGttt < 1:842352/150‑1 (MQ=255) gCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGtttt < 1:1151704/150‑1 (MQ=255) gCAACCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGtttt < 2:5613103/150‑1 (MQ=255) aaCCGCAATGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTgg > 2:5441094/1‑150 (MQ=255) tGAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAatat < 2:3514204/150‑1 (MQ=255) gAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATAtt > 2:2162064/1‑150 (MQ=255) gAAAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATAATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATAtt < 2:3119901/150‑1 (MQ=255) 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gTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCaa > 1:2816713/1‑150 (MQ=255) tCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAAc < 2:2605372/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACt < 1:92812/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTg < 2:1749904/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTg > 1:2717025/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |