| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 565,299 | T→G | 9.7% | N314K (AAT→AAG) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 565,299 | 0 | T | G | 9.7% | 1009.6 / 93.0 | 357 | N314K (AAT→AAG) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (157/165); new base G (22/13); total (179/178) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
GCTGGCTATTATCCCAGAGTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAAT > CP009273/565150‑565448 | tGGCTATTATCCCAGAGTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAAGAc > 2:2974158/1‑150 (MQ=255) cTATTATCCCAGAGTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCAt > 2:2881012/1‑150 (MQ=255) tattatCCCAGAGTCATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATg > 2:1348106/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |