| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | CP009273 | = 1635223 | 41 (0.150) | 209 (0.780) | 112/276 | NT | 83.6% | intergenic (‑381/+373) | essQ/cspB | Qin prophage; putative S lysis protein/Qin prophage; cold shock protein |
| ? | CP009273 | = 1645805 | NA (NA) | intergenic (+11/‑3) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related | |||||
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AAAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCC > CP009273/1635075‑1635371 | aaaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCt > 1:789224/1‑149 (MQ=255)aaaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCt > 1:3755958/1‑149 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgacgagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGt > 2:3985714‑M1/143‑149 (MQ=255) 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ttCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 1:857254‑M1/1‑112 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATAtt > 2:15557‑M1/103‑149 (MQ=255) cAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca < 1:2632560‑M1/149‑46 (MQ=255) aaaCTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 1:2033992‑M1/149‑47 (MQ=255) aaaCTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccat < 2:1531685‑M1/149‑47 (MQ=255) 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cAGACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgc > 1:4502067‑M1/1‑18 (MQ=255) gACAAATCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcct > 2:3026850‑M1/1‑16 (MQ=255) aaaaatcTTAAAGCTtggatttgcccctatttttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagctataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctc < 1:1453960‑M1/147‑135 (MQ=255) gccagtctaAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACttt > 2:2901504‑M1/10‑149 (MQ=255) aTCTTAAAGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgca > 1:2982183‑M1/1‑11 (MQ=255) 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aGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttct > 1:4170976‑M1/1‑4 (MQ=255) ttggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttg > 2:1757132‑M1/1‑1 (MQ=255) | AAAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCC > CP009273/1635075‑1635371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |