| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 703,476 | C→A | 5.6% | intergenic (+263/‑314) | glnS → / → chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 703,476 | 0 | C | A | 5.6% | 891.3 / 5.8 | 258 | intergenic (+263/‑314) | glnS/chiP | glutamyl‑tRNA synthetase/chitoporin, uptake of chitosugars |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/154); new base A (25/2); total (102/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTT > CP009273/703328‑703622 | tGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATATGGCGTTCACGCCGAATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCa < 1:1088344/149‑1 (MQ=255) gCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTAGCG‑AAATAATTCCGCTTCGCAAATTAT‑CCat > 2:618828/1‑149 (MQ=255) tttatTGTGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGAAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaa < 1:3379630/147‑1 (MQ=255) tatttTGAGTTTGGTTTCTTTTGGAGGCGGTATATGGGGTTCACGCCGCATCCGTAAAGAAACACAAAAAAATCAAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaa < 1:854855/149‑1 (MQ=255) tatatTTAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGTATATGGCGTTCACGCCGCATCCGGAAAGAAACAGCAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaa < 1:1098290/149‑1 (MQ=39) atatTGAGTTTGCGTTCTTTTGTGGGCCGTATATGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAAACACAAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaat < 1:2061895/149‑1 (MQ=38) ttttgtttttGCTTGTTTTTTTTGGCCTGATATGGGGTTCACGCCGAACCCGCAAATAAACAGCAAAAAACCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaata < 1:2081939/142‑1 (MQ=255) tatTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTGTGCTTTTATTCGCG‑AATTAATTACGCTTCGCAAATTAT‑ACataaaata > 2:3164320/1‑149 (MQ=38) tatTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTAGCG‑AATTAATTACCCGTAGCAATTTAT‑CCataaaata > 2:1260654/1‑149 (MQ=38) atggAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaataa < 2:2502177/146‑1 (MQ=255) atTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaataa < 2:3618726/149‑1 (MQ=255) ttGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTACACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGAAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCataaaataaa < 1:1132328/149‑1 (MQ=255) aGTTTGGGTGCTTGTGTCGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAACCGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAAttt < 2:2857480/149‑1 (MQ=255) aGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAAttt < 2:1471248/149‑1 (MQ=255) gTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTGTGCTTTTATTAGCC‑CAATAAATCCCCATCCCAAATTAT‑ACaaaaaaaaaaaata > 1:2515394/1‑145 (MQ=21) tttGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTGTGGTTTTTTTAGCGCAATTAA‑TAAGCGTCGCCAAATAT‑ACAAAAAATAAATATaa > 1:4428797/1‑149 (MQ=21) tGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTaaaa < 2:4549560/149‑1 (MQ=255) tGCGTGATTTTTTAGGCCGGATATGGCGTTCACGCCGCATCCGGAAATAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTaaaa < 1:4051937/149‑1 (MQ=255) gTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTAGCG‑AATTAATTACGCGTCGCAAATTAT‑ACATAAAAAAAATTTTAAATaa > 2:3704710/1‑149 (MQ=38) tGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTCGCC‑AAATAATTAACCATCGCAAAATATACCAAAAAAAAAATTaaaaaaaa > 2:1215198/1‑149 (MQ=25) cTTTTGTTGGCCGTATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAAACCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACaa < 1:3335563/149‑1 (MQ=255) cTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTTTTCTTTTATTAGCC‑AAATAATTAAGCTTAGCAAATTTA‑ACAAAAAAAAAAATTAAAATAaaaa > 1:898110/1‑149 (MQ=21) ttttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACaaa < 2:3769269/149‑1 (MQ=255) ttttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTATTCGCG‑AAATAATTACGCTTAGCAAATTAT‑ACATAAAATAAATATAAAATAACaaa > 2:4480778/1‑149 (MQ=38) tttGTAGGCCGGATAAGGCGTTCCCGCCGCATCCGGCAAGAAACCGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACaaca < 1:984353/149‑3 (MQ=255) gttggCGGGTTATGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATGAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACAt < 1:1554530/146‑1 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTGTGCTTTTCTTCGCG‑AATTTATTCCGCTTCGCAATTTAT‑ACATAAAATAAATTTAAAATAAAAAAACaa > 2:4075579/1‑148 (MQ=39) ggCCGGATAAGGCGTTCCCGCCGCAACCGGAAATAAACACAAAAAAAACAAAAACGCCGCTTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAAt < 1:2183960/149‑1 (MQ=255) gcccGTATAAGGCGTACACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGAAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAAt < 1:2549329/147‑1 (MQ=255) gCCGTATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAATAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAAtt < 1:2249384/149‑1 (MQ=255) ccGTATATGGCGTTCACGCCGAATCCGGAAATAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGGGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATta < 1:120031/149‑1 (MQ=255) ggATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaa < 2:1118458/149‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCGTTTCTTCGCG‑AATTAAATCCGCTTCGCAAATTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaat > 2:253405/1‑149 (MQ=255) ttatggCGTTCACGCCGAATCCGGAAAGAAAAATCAAAAAATCAAAAACGCCGCTTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaata < 1:3627978/145‑1 (MQ=255) aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTGTTCGCG‑AATTAATTACCCATAGCAAAATAT‑ACATAAAAAAAAATTAAAATAACAAAAAAAAaataaata > 2:4115382/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaataa < 2:1829300/149‑1 (MQ=255) atggCGTTCACGCCTCATCCGGAAAGAAACAGAAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATtaaataaa < 1:1076289/147‑1 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGGAAAGAAACAGAAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAAt < 1:4148305/149‑1 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGt < 2:4248337/149‑1 (MQ=255) gTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTa < 2:211857/149‑1 (MQ=255) tcccgccgcATCCGCCAAGAAACACCAAACAATCAAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAAc < 2:3539492/146‑1 (MQ=255) ccACGCCGCATCCGTCAATAAACAGAAAACAACCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAAc < 1:1697308/148‑1 (MQ=255) cACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAAcc < 1:1082114/149‑1 (MQ=255) cgccgaATCCGGAAATAAACATAAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGc < 1:1450124/149‑1 (MQ=255) cgcCTCCGGAAATAAACAGCAAAAAAACCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCttt < 1:3677174/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCAt < 2:2708394/149‑1 (MQ=255) gCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTACTTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGc < 2:2273473/149‑1 (MQ=255) cAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCt < 1:638584/149‑1 (MQ=255) cAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCt < 2:2143280/149‑1 (MQ=255) cAAGAAACAGCAAAAAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCt < 1:638319/149‑1 (MQ=255) aaacaaaCACAAAACAATCAAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCt < 1:1335170/145‑1 (MQ=255) aaaCAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGaa < 1:4587975/149‑1 (MQ=255) aaaCAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGaa < 2:2228037/149‑1 (MQ=255) aaactaaaaCAATAAAAAACGCCGCGTTCAGGGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAAt < 1:456753/143‑1 (MQ=255) aaCAGAAAAAAATCCAACACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAAt < 1:3635647/149‑1 (MQ=255) gaaaaCAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCa < 1:1300030/147‑1 (MQ=255) gCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCGGGGTTTATTAGCG‑CCTTAAATCCGCGTCGCACATTTT‑GCAAAAAAAAAAATTAAAAAAACAAAACATAATTAAAAAAAAAGGAAAAGCGTTACTCGTGCTGGTAtttaa > 2:4374599/1‑147 (MQ=255) cAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTGTTTTGTGCGTTTGTTGGCG‑AATTAATTAACCGTCGCAAATTAT‑ACATAAAAAAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAAACGCGTTAATATTGGTGGAAATTGAc > 1:2711412/1‑149 (MQ=255) aaaCAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACg < 1:3441371/149‑1 (MQ=255) aCAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATGGTTTTATTAGCG‑CATTTATTACCCGTCGCAATTTAT‑CCAAAAAAAAAAATTAAAATAAAAAAAAAAAATTAAATAAAATGTAAAAGCTTTAATATTTCTGGCATTTGACGcg > 2:3317567/1‑148 (MQ=255) aTCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTATGCTTTTCTTAGCG‑CATTAATTACGCGTAGCAATTTAT‑ACAAAAAATAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAATAAAAAGTAACCCCGTTAAAATTTCTGGAATTTAACCCtttt > 2:880595/1‑149 (MQ=255) aaCGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTAttctt < 2:2576332/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAACTAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTAttcttc < 1:1801521/149‑1 (MQ=255) aCGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTAttcttc < 2:2086005/149‑1 (MQ=255) cgTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACACAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAg < 2:538987/149‑1 (MQ=255) gTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGc < 2:1537799/149‑1 (MQ=255) ttCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGcc < 1:4107880/149‑1 (MQ=255) ttCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AAATAAATACGCGTCGCAAATTAT‑CCAAAAAATAAATTTAAAATAAAAAAAAAAAATTAAAAAAAATTTTACCGCTTTAATCTTTCGGGTATTTAAAGCTTTTATTATTCTTCAAGcc > 2:2646592/1‑149 (MQ=255) gcggcgTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTc < 1:3566880/149‑1 (MQ=255) gctttttttCTGCGTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAAc < 2:3897314/146‑1 (MQ=255) gcgTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCaaa > 2:1708647/1‑148 (MQ=255) ttCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAAc < 2:3495007/149‑1 (MQ=255) cTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACtt > 2:674649/1‑149 (MQ=255) cTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTAAACCGCAAACtt > 2:2922130/1‑149 (MQ=255) gCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTaa > 1:1908427/1‑149 (MQ=255) cTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAg < 1:1337794/149‑1 (MQ=255) tttCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑ACATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGcc < 2:2880958/149‑1 (MQ=255) ttcttcGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCt > 1:2950028/1‑149 (MQ=255) cttcGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTg < 2:3188185/149‑1 (MQ=255) cttcGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTg < 2:620680/149‑1 (MQ=255) cgcg‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTaa > 2:1298109/1‑149 (MQ=255) g‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACaa > 1:2840399/1‑149 (MQ=255) g‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACaa > 1:4030228/1‑149 (MQ=255) aattaattCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACaaa < 2:2783993/149‑1 (MQ=255) ttaattCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACaaaaa > 1:235781/1‑149 (MQ=255) taattCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAat < 2:4543656/149‑1 (MQ=255) taattCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAat > 2:1864352/1‑149 (MQ=255) attCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAatca > 1:4562047/1‑149 (MQ=255) ttCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCACACTTAAGCCTTGTAACAAAAatcat > 2:3069380/1‑149 (MQ=255) ccGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAAtcatca < 2:1417505/149‑1 (MQ=255) gCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTCAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCaaa < 1:4662494/149‑1 (MQ=255) gCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCaaa > 2:3943708/1‑149 (MQ=255) tCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAata > 1:3514311/1‑149 (MQ=255) gCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTCACAAAAATCATCAAAatatt > 2:3152992/1‑148 (MQ=255) aaTTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATAtgtg < 2:3375840/149‑1 (MQ=255) tAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGt < 1:259553/149‑1 (MQ=255) tAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTACTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGt < 2:2031200/149‑1 (MQ=255) aT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGtt < 2:4518870/149‑1 (MQ=255) aT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGtt > 1:3843916/1‑149 (MQ=255) aT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGtt > 2:3032058/1‑149 (MQ=255) | TCTGCAATATATTGAGTTTGCGTGCTTTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAGAAACAGCAAACAATCCAAAACGCCGCGTTCAGCGGCGTTTTTTCTGCTTTTCTTCGCG‑AATTAATTCCGCTTCGCAATTTAT‑CCATAAAATAAATTTAAAATAACAAAACATAATTAAATAAAATGTAACCGCTTTCATCTTGCTGGAATTTCACGCTTTTATTCTTCTGCAAGCCTTTCAACCGCAAACTTAAGCCTTGTAACAAAAATCATCAAAATATGTGCGGTT > CP009273/703328‑703622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |