Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 816,078 | C→G | 7.0% | intergenic (+34/‑171) | ybhL → / → ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 816,078 | 0 | C | G | 7.0% | 784.1 / 3.7 | 255 | intergenic (+34/‑171) | ybhL/ybhM | UPF0005 family inner membrane protein/UPF0005 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/132); new base G (3/19); total (104/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAACAAGTACCAGGTATAAAATATGCCTTATGGACGAGCGGAAGCGTTTTCTGTATCCATAAATGCAAAAGTATTTTGTATGCGTGGTTTTAAATTTATTGATGGTGAATATTAATATT > CP009273/815930‑816226 | tACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTc > 2:4218369/1‑149 (MQ=255) tACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTc > 2:3637682/1‑149 (MQ=255) tACCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTc > 1:1357657/1‑149 (MQ=255) aCCCGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCg < 1:165761/149‑1 (MQ=255) ccGCGACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCggg > 2:1855591/1‑149 (MQ=255) cgcgACACGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGa < 1:3622399/149‑1 (MQ=255) acacGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGAtttt < 1:4523869/149‑1 (MQ=255) acacGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGAtttt < 2:3361876/149‑1 (MQ=255) acacGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGAtttt < 1:3849692/149‑1 (MQ=255) acGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGAtttttt < 1:146479/149‑1 (MQ=255) cGTCGAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGAttttttt > 2:1411207/1‑149 (MQ=255) gAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTa < 2:1157819/149‑1 (MQ=255) gAACCTGCGCAAATATTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTa < 2:3650579/149‑1 (MQ=255) 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atatTCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGaca < 2:3065596/149‑1 (MQ=255) ttCCATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCATGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACtt > 1:850022/1‑149 (MQ=255) tCCTTTTTTGGCGGTTTAACTTTTTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGTTTTTTTTGGGTATATTCGGAAACCGCGGTTAATTATTTTTCACCTTCACTATCCCGGCATTGTGTGGGGATTTTTTTCTTAATAAAAACGACACTTa < 2:2001174/149‑1 (MQ=255) ccATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACAAACCCCGCCATGTGTCGGGATTTTTTTATTAATAAAAACGACACATaa > 1:1760268/1‑149 (MQ=255) cATTCTTGGCGCGTTAACCTTGTATCTGGACTTCATCAACCTGTTCCTGATGTTGTTGCGGATCTTCGGCAACCGCCGTTAATTCTTTTTCACCATCACTATCCCGGCCAGGTGTCGGGATTTTTTTCTTACTAAAAACGACACTTAAc < 2:4268794/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |