| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,046,398 | C→T | 6.8% | intergenic (+412/+21) | insB1 → / ← cspH | IS1 transposase B/stress protein, member of the CspA‑family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,046,398 | 0 | C | T | 6.8% | 878.8 / 34.5 | 250 | intergenic (+412/+21) | insB1/cspH | IS1 transposase B/stress protein, member of the CspA‑family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/100); new base T (12/5); total (145/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCTTTAAACAAGCAGCGTCATATTAAGAGAGATAAACATTTGCCGCTGTTGGTCCTCGCAGGCCATTTACGCGGCAAAATTCCACACGTAATCCTGGTATAAGCACTTCTGCGTCGCGGGGAGTGAATGCGGAAATATGGACCTGAACT > CP009273/1046250‑1046545 | aaGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGc > 2:3915290/1‑149 (MQ=255) tGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCttt > 2:2112850/1‑149 (MQ=255) tGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTGTGGAAAAGTAACTGATGTTATAATGTATGATGTTGACTATTTCACTATTCCAATAAAACCAGTCAGCttt > 2:2671164/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |