| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,194,365 | G→T | 16.3% | W72L (TGG→TTG) | lit → | e14 prophage; cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,194,365 | 0 | G | T | 16.3% | 873.7 / 121.5 | 282 | W72L (TGG→TTG) | lit | e14 prophage; cell death peptidase, inhibitor of T4 late gene expression |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (140/96); new base T (19/27); total (159/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AAGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGCATTTTCCAATTTCTTTTGGGTTTTTACGCAAGAGTACTCCAAATCTCAGAAAAATAATGATGAGCACTTTGATTTAACAGGAAAAAATAGGCTTAAAAAGTCTGATGAACTTCTTAAATGGGCAAGGAAAAACTTGCAAACAACA > CP009273/1194217‑1194513 | aaGGAGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTg > 2:2931634/1‑149 (MQ=255) aGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGCa > 2:3106629/1‑149 (MQ=255) aGCAAGATCTTAAAACGATAGTTGACGACAAAAAAATTATAATTTCAGTTGTGAGTGAACCTGGTTTTAATATCCGAGTCAGGAAGAATGAGAGTAATAATTCACATGAAATAGTTCTAACAGTAGCTTCACTTGAATATATTTGGGCa < 1:2408421/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |