| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,197,027 | G→T | 16.1% | M25I (ATG→ATT) | ymfI → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,197,027 | 0 | G | T | 16.1% | 709.3 / 95.4 | 230 | M25I (ATG→ATT) | ymfI | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/94); new base T (15/22); total (114/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
GTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACG > CP009273/1196879‑1197175 | gtgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATg < 2:2249816/149‑1 (MQ=255)gtgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATg < 1:2805623/149‑1 (MQ=255) gCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATTCt < 2:3303553/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |