| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,215,174 | G→T | 42.9% | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH → | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 42.9% | 169.4 / 299.1 | 226 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/64); new base T (58/39); total (123/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
TTTGTTAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGAAGAATCGCCGATTGAAATCAAAGATAATAATCCGATAAGTAATGGAGAGTATCTAACCACTGAAGACGAAAGCCATGCTGTGAAAGTGGATGACGGTGTAACTGGATATATAAATAATGCCAGTGTGATGACTAGTGGTGATGGATCTTA > CP009273/1215026‑1215322 | tttgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaag > 1:3117477/1‑149 (MQ=255) tgttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATgaataa > 2:1335397/1‑149 (MQ=255) gttAATCCAATGAATGGATGGTTAATCTATGAAACTGAAAAAACTCCCCGGGTTTAGTTTGGGACTTATTGCTCTGGCGGTGGGTAATGCATATGCAACACAATTGTTGGATGATTATAGTATAATTTCCTATATGACTGATGaataat < 1:4581818/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |