| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,247,376 | G→T | 10.2% | V285V (GTG→GTT) | dhaR → | dhaKLM operon transcription activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,247,376 | 0 | G | T | 10.2% | 1046.0 / 68.6 | 285 | V285V (GTG→GTT) | dhaR | dhaKLM operon transcription activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/139); new base T (14/16); total (130/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCC > CP009273/1247228‑1247524 | tGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTg < 2:2894890/149‑1 (MQ=255)tGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTg > 1:410908/1‑149 (MQ=255) ccTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATaa < 2:3596131/149‑1 (MQ=255) cTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAAc > 2:3042724/1‑149 (MQ=255) cTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAAc < 1:1937883/149‑1 (MQ=255) ttGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAAcc < 1:4482806/149‑1 (MQ=255) aCGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAAcc < 1:3806837/149‑1 (MQ=255) cGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCg < 1:213434/149‑1 (MQ=255) aaGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataa > 1:3233114/1‑149 (MQ=255) aGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGataat < 1:451724/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGataata < 1:3549441/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata > 1:1035997/1‑149 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata < 1:2593645/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata > 1:3441843/1‑149 (MQ=255) aGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGaa > 2:523725/1‑149 (MQ=255) aGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaa < 2:3660387/149‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa < 1:4612777/149‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa < 1:2571613/149‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTGGAAAGCCAGCACCAGTTTATTTATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa < 2:861181/149‑1 (MQ=255) gACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACg > 2:1466667/1‑149 (MQ=255) gACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACg > 2:3064906/1‑149 (MQ=255) gggCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAg < 2:4464627/149‑1 (MQ=255) gCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAggg < 1:466230/149‑1 (MQ=255) aaTCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGaa < 1:1562792/149‑1 (MQ=255) aTCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAAc > 1:4562646/1‑149 (MQ=255) cACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCa > 2:4072006/1‑149 (MQ=255) aCTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAg > 2:2814315/1‑149 (MQ=255) aCTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAg < 2:1791062/149‑1 (MQ=255) aCTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAg > 1:424416/1‑149 (MQ=255) cTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGACCCAGc > 2:2236395/1‑149 (MQ=255) cTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGc > 2:219481/1‑149 (MQ=255) cTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGc < 2:1081214/149‑1 (MQ=255) aaCTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCttt > 2:2312821/1‑149 (MQ=255) 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ccgTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCt > 2:1319462/1‑149 (MQ=255) cgTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtg > 1:739549/1‑149 (MQ=255) tATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgtg > 1:4025775/1‑149 (MQ=255) caacaaGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACCCGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACa < 2:688303/149‑1 (MQ=255) caacaaGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACa < 1:1683268/149‑1 (MQ=255) acaaGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGTTGCGGTTATAACACTTAAACCGATAATATAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACata > 1:2663285/1‑147 (MQ=255) cAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCgg > 2:3694739/1‑149 (MQ=255) aaTAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGc > 2:1384073/1‑149 (MQ=255) aaTAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGc < 1:3169041/149‑1 (MQ=255) aaTAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGc < 2:4243553/149‑1 (MQ=255) 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ccAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcac > 1:521805/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcac > 1:2861824/1‑149 (MQ=255) cAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcaca < 1:543480/149‑1 (MQ=255) cAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcaca > 1:973359/1‑149 (MQ=255) tttATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa > 2:2342300/1‑149 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa < 1:43363/149‑1 (MQ=255) ttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGAc < 1:1714098/149‑1 (MQ=255) ttGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGAt < 2:389362/149‑1 (MQ=255) tGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATc < 1:699510/149‑1 (MQ=255) gATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATcc < 2:3307775/149‑1 (MQ=255) tGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGc < 1:2910112/149‑1 (MQ=255) gATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAccc < 1:2529951/149‑1 (MQ=255) | TGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCC > CP009273/1247228‑1247524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |