| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,377,394 | C→T | 85.2% | A275A (GCG→GCA) | ycjW ← | LacI family putative transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,377,394 | 0 | C | T | 85.2% | 794.4 / 117.4 | 291 | A275A (GCG→GCA) | ycjW | LacI family putative transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/24); new base T (101/147); total (120/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTA > CP009273/1377248‑1377541 | tAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCt > 1:1932027/1‑149 (MQ=255) atatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTaa < 1:2067986/149‑1 (MQ=255) atatTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACTGCTaa > 2:124675/1‑149 (MQ=255) 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tGCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAAt < 2:2081635/149‑1 (MQ=255) gCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATg > 1:14659/1‑149 (MQ=255) gCTATAACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATg < 1:1801349/149‑1 (MQ=255) tataACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCa > 1:1009523/1‑149 (MQ=255) ataACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAg > 2:4003048/1‑149 (MQ=255) ataACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAg > 1:1094578/1‑149 (MQ=255) taACCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGt < 1:3041552/149‑1 (MQ=255) taACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGt < 1:2352548/149‑1 (MQ=255) aaCCCACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGtt < 1:581171/149‑1 (MQ=255) aaCCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGtt < 1:3617375/149‑1 (MQ=255) cccACCACTGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTc < 2:4531734/149‑1 (MQ=255) accactGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCTTGCTGCTTTTAATGCATTTTCATg > 1:3925050/1‑149 (MQ=255) | GTAATATTCTGTGGTGACGGTTTTCCAGAAATTAAGCGGAATAATAACTCGCAGCTTTGTTGACCTAACTCCTGCGTCGGAACATCGATGCCGCCCGGTGCAGGCGTTAAAATAAATGACAGCGTTTCATTGCTATAACCCACCACCGCTAACTGCTGCGGAATAGCAATATTTTTCTCTGCTGCCGCACGATAAATGCTCATTAATTTCAGGCTGTCAGTGGCAAACACCGCCTCAGGCAACGGTGACTGGCTTAATAATTGCCGTGCTGCTTTTAATGCAGTTTCATGGGTA > CP009273/1377248‑1377541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |