| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,538,906 | G→A | 10.8% | pseudogene (116/381 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,538,906 | 0 | G | A | 10.8% | 740.7 / 58.9 | 232 | pseudogene (116/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/100); new base A (9/16); total (116/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCC > CP009273/1538758‑1539053 | cATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAg > 1:2779066/1‑149 (MQ=255) tttttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGa > 2:912038/1‑149 (MQ=255) tAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGa > 1:2189810/1‑149 (MQ=255) 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gTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAATCATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTg > 2:2987948/1‑149 (MQ=255) tCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGt > 2:3142588/1‑149 (MQ=255) agagTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGttt < 2:2489281/149‑1 (MQ=255) gTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttat > 2:1637639/1‑149 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt < 2:2897142/149‑1 (MQ=255) cTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATgg > 2:963180/1‑149 (MQ=255) cAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGa > 2:1362863/1‑149 (MQ=255) tGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaa < 2:2766372/149‑1 (MQ=255) gCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaaa < 1:783177/149‑1 (MQ=255) cAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTc > 2:1853790/1‑149 (MQ=255) cAGGCGAAAGAAGTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTc < 2:1653459/149‑1 (MQ=255) aGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTcc < 1:4265793/149‑1 (MQ=255) | CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCC > CP009273/1538758‑1539053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |