| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,569,899 | A→G | 5.5% | S660P (TCT→CCT) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,569,899 | 0 | A | G | 5.5% | 827.3 / 25.5 | 239 | S660P (TCT→CCT) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (107/118); new base G (9/4); total (116/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
GTCTTACCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTCGGCC > CP009273/1569751‑1570047 | gTCTTACCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAaga < 2:1650021/149‑1 (MQ=255) ccAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAg > 2:869966/1‑149 (MQ=255) aaGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGAt > 2:4132668/1‑149 (MQ=255) ggATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTa > 1:2330819/1‑149 (MQ=255) gATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTAc < 2:3015029/149‑1 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCg < 1:1376051/149‑1 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCg > 1:2053657/1‑149 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCg > 1:3133967/1‑149 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCg > 1:4491909/1‑149 (MQ=255) aaTGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGt > 1:2268176/1‑149 (MQ=255) aTGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGtt < 2:3619206/149‑1 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta > 2:2316584/1‑149 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta < 1:2227531/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |