| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 157,178 | C→A | 52.1% | intergenic (‑87/+91) | dksA ← / ← sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 157,178 | 0 | C | A | 52.1% | 10.5 / inf | 246 | intergenic (‑87/+91) | dksA/sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (65/53); new base A (57/71); total (122/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CCACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGC > CP009273/157031‑157325 | cACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGaaa > 1:1172577/1‑149 (MQ=255) cACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCaa < 2:3124067/149‑1 (MQ=255) ccccAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGAAAtt > 2:3335895/1‑149 (MQ=255) 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aTAGAAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTc < 1:2319140/149‑1 (MQ=255) aTAGAAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTc < 1:4659419/149‑1 (MQ=255) | CCACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGGAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGC > CP009273/157031‑157325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |