Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,070,058 | C→A | 41.3% | A90A (GCC→GCA) | yeeS → | CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,070,058 | 0 | C | A | 41.3% | 245.8 / 307.1 | 237 | A90A (GCC→GCA) | yeeS | CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/57); new base A (67/31); total (149/88) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TGGCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTT > CP009273/2069910‑2070205 | tGGCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGcc < 1:2653738/149‑1 (MQ=255) tGGCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCGGTATCTGAACCACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTGCACCGGCACCATCAACCGCCCGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGcc < 2:1046067/149‑1 (MQ=255) gCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGc > 2:1991330/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |