| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,129,796 | C→A | 5.6% | R310L (CGT→CTT) | wza ← | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,129,796 | 0 | C | A | 5.6% | 1109.0 / 32.7 | 286 | R310L (CGT→CTT) | wza | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/139); new base A (7/9); total (138/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
AACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCAC > CP009273/2129649‑2129943 | aCTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgc > 2:361400/1‑149 (MQ=255) aCTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgc > 2:1889979/1‑149 (MQ=255) tgattgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgccc < 1:3600329/149‑1 (MQ=255) ttgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgcccgcc > 1:484010/1‑149 (MQ=255) tgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACgcccgccc > 1:1249174/1‑149 (MQ=255) tCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCg > 2:3891254/1‑149 (MQ=255) aGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAAGCCCGCCCTCGcc < 2:4520458/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCa > 2:3362491/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGc > 2:899070/1‑149 (MQ=255) ggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGaa > 1:1071534/1‑149 (MQ=255) ggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGaa < 2:3118542/149‑1 (MQ=255) ggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGaa < 2:1014899/149‑1 (MQ=255) aaCCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGa > 2:3562629/1‑149 (MQ=255) aaCCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGa < 2:4601446/149‑1 (MQ=255) aaCCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGa > 2:761983/1‑149 (MQ=255) ccGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACa < 2:2641126/149‑1 (MQ=255) ccGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACa < 2:4391898/149‑1 (MQ=255) ggggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACaaa > 2:155149/1‑149 (MQ=255) ggggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACaaa < 1:4015543/149‑1 (MQ=255) ggggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACaaa > 2:2500711/1‑149 (MQ=255) gggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAg < 2:3205954/149‑1 (MQ=255) ggtgACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGc > 2:3469229/1‑149 (MQ=255) tgACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTg < 1:4226016/149‑1 (MQ=255) tgACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTg < 1:2336014/149‑1 (MQ=255) aTACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGt > 2:323416/1‑149 (MQ=255) ccacGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAg > 2:4027790/1‑149 (MQ=255) acGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggt < 2:3835918/149‑1 (MQ=255) gTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggtgg > 1:982495/1‑149 (MQ=255) tCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggtggt < 2:1674311/149‑1 (MQ=255) cATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTc < 2:1760883/149‑1 (MQ=255) cATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTc < 2:4096538/149‑1 (MQ=255) aTAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCa < 1:3792861/149‑1 (MQ=255) aTAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCa < 2:2099853/149‑1 (MQ=255) aTAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCa > 1:773617/1‑149 (MQ=255) tAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCAt < 2:3912711/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAATGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGt > 2:866743/1‑149 (MQ=255) aGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGt > 1:2684392/1‑149 (MQ=255) aGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGt < 2:127765/149‑1 (MQ=255) ggTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTc > 2:330755/1‑149 (MQ=255) ttGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGa > 2:240116/1‑149 (MQ=255) tGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGAt < 2:3322216/149‑1 (MQ=255) aGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGcc > 2:2257028/1‑149 (MQ=255) ggCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCt < 2:515572/149‑1 (MQ=255) 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tACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTcttcacttca < 2:655555/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCttcacttcac > 2:714922/1‑149 (MQ=255) | AACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCAC > CP009273/2129649‑2129943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |