Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,144,474 | C→A | 84.7% | intergenic (‑8/‑192) | yegI ← / → yegJ | protein kinase‑related putative non‑specific DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,144,474 | 0 | C | A | 84.7% | 667.6 / 110.6 | 250 | intergenic (‑8/‑192) | yegI/yegJ | protein kinase‑related putative non‑specific DNA‑binding protein/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/13); new base A (93/118); total (119/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
GGCGGCGTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAATAATAACAACTAACCATTAAAATTATTTCTATATGGGGAAAACCCACTCAAGAATAAAAATGATAATGCAATTTTATCAGGATACAATTCAATTTCGGCCTGATAATGATTAACTTC > CP009273/2144327‑2144619 | gcgTGTGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCggg < 2:358750/149‑1 (MQ=255) gtgtGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTa > 1:2379698/1‑149 (MQ=255) gtgtGATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTa > 2:4062281/1‑149 (MQ=255) tgtgATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAg > 2:2275129/1‑149 (MQ=255) tgtgATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAg > 1:1504674/1‑149 (MQ=255) gtgATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGt < 2:4434900/149‑1 (MQ=255) gATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCCCCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGtta < 2:2749113/149‑1 (MQ=255) gATAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGtta < 2:2748984/149‑1 (MQ=255) tAAATCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGttata > 1:4209427/1‑149 (MQ=255) aaaTCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGttatat < 2:2383939/149‑1 (MQ=255) aaTCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGttatatt > 2:1959077/1‑149 (MQ=255) tCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGttatattat > 2:183728/1‑149 (MQ=255) tCTTGGCGACGCTATCGACAAACTCCTCGATATCATAAACCGCGCCTTCACCACCTTTGCCCAGTTCACGGCCAAGAGTGGTCAATTCACCTGTCGATGTAAATACTTTTATATTTGTTTTCATAATATTTAGCGGGTAGttatattat < 2:2062933/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |