| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,553,563 | T→G | 12.7% | intergenic (+138/‑53) | intZ → / → yffL | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,553,563 | 0 | T | G | 12.7% | 536.2 / 70.9 | 196 | intergenic (+138/‑53) | intZ/yffL | CPZ‑55 prophage; putative phage integrase/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/97); new base G (13/12); total (87/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
AACCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAATTATTCCATTATTCCAATTAAGTGGAATAAATTATTCAATATCAAGAACTTAAATCCATGTTTGCAACGAAAGATCCAGAGTTCGAAAATAGGATCAACACAAATAAAAGCCCCCGGAATGCTGCAACATGCCGGGGGCGGTATGAGAAACAA > CP009273/2553415‑2553711 | aCCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAattattc < 2:500171/149‑1 (MQ=255) aCCGGAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGCAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAattattc < 2:3192025/149‑1 (MQ=255) ccGTAATGAATAATTAAGCGGCTTTTTTGCAAAGCGAAATTTTGCATTTTGTATAAGTATTTGTTTTGTGTGGTTTAACTATCACCTGATAAGAAACCTGTATTCAATTTGCCGGATTCGTCCGGCTTTTCTTTTTCGCTAattatgcc < 1:118023/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |