| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,767,403 | G→A | 15.8% | D243N (GAT→AAT) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,767,403 | 0 | G | A | 15.8% | 708.7 / 104.3 | 253 | D243N (GAT→AAT) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/104); new base A (22/18); total (131/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
AGAGATTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATACACAGGGTTTAAGTGGTGCTGATATTTATATTGTCTCCGGTTGTTATGCCCTTCCAGATTTACTTCGCAATGTACCGCTTGATGCTAAAAAATCTTTTCTGAATGTAAAAAAGCTAGAAATCACACAGAAACTTCCAATGATGGG > CP009273/2767255‑2767551 | gagaTTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGAAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGa > 2:1543018/1‑149 (MQ=255) gaTTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATa > 2:2083922/1‑149 (MQ=255) aTTGAGATGGATATATCTGAAGGTTCAGACATCGCATATGTAGGTGTAAAAGATAATGAGGAATCATTTGGGTTTTTAAATGATAAAAAAACAGACACACCAACGTATCTGGATGTAATCAAAAATGGTAGTTTGATATATAATGATac > 1:3672763/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |