Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,802,110 | T→A | 6.5% | pseudogene (436/1178 nt) | ygaY → | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,802,110 | 0 | T | A | 6.5% | 896.4 / 40.2 | 247 | pseudogene (436/1178 nt) | ygaY | pseudogene, major facilitator transporter superfamily;putative transport; Not classified; putative transport protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (137/94); new base A (9/7); total (146/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTACCCA > CP009273/2801963‑2802258 | tGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTg > 1:2394888/1‑149 (MQ=255) tGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTg > 2:1934247/1‑149 (MQ=255) ggCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGc > 2:3253270/1‑149 (MQ=255) 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ttGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAccc < 2:4597542/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTAccc > 2:645991/1‑149 (MQ=255) | TGGCGATGATGATCCTCGGTACGGCATTAACCGGTTTATTCTCAGTCGTGGCACAAATTCTGGTTCCGCTGGCAGCGACGCTGGCTTCACCGGATAAACGCGGCAAAGTGGTTGGCACTATTATGAGCGGTCTGCTGTTGGGGATCTTGCTGGCACGGACAGTTGCCGGATTGCTGGCGAATCTCGGCGGCTGGCGCACCGTCTTTTGGGTTGCTTCGGTGTTAATGGCACTGATGGCGCTGGCATTATGGCGTGGTCTGCCACAAATGAAATCAGAAACCCACCTCAACTACCCA > CP009273/2801963‑2802258 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |