Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 249,629 | G→A | 13.6% | R145Q (CGA→CAA) | yafP → | putative acyl‑CoA transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 249,629 | 0 | G | A | 13.6% | 584.2 / 72.5 | 226 | R145Q (CGA→CAA) | yafP | putative acyl‑CoA transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/95); new base A (13/16); total (98/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-02 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TTGTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTCCAGGATTAATTCT > CP009273/249481‑249777 | ttGTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCg > 2:1088264/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGat < 2:863878/149‑1 (MQ=255) gTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGat < 2:863798/149‑1 (MQ=255) gTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGat > 2:3379517/1‑149 (MQ=255) aaaaCCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGAtata > 1:1631756/1‑149 (MQ=255) aaCCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATaaa < 2:4054479/149‑1 (MQ=255) aCCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAAc > 2:1702005/1‑149 (MQ=255) aCCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAAc < 2:3064548/149‑1 (MQ=255) aCCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAAc < 2:1417562/149‑1 (MQ=255) ccTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAAcc > 1:1090821/1‑149 (MQ=255) ccTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAAcc > 1:3559267/1‑149 (MQ=255) ccTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAAcc < 1:1978049/149‑1 (MQ=255) tttGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGc > 2:2839784/1‑149 (MQ=255) ttGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCa < 1:4172793/149‑1 (MQ=255) ttGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAACCGCa > 1:1736946/1‑149 (MQ=255) tGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCaa < 2:1251179/149‑1 (MQ=255) gATTAAGTCAGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCATACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAAc < 2:3569313/149‑1 (MQ=255) aTTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACa < 2:4519534/149‑1 (MQ=255) 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gTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTaaa > 2:579072/1‑149 (MQ=255) tCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAAt > 1:1889763/1‑149 (MQ=255) aaTCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAg < 2:3913339/149‑1 (MQ=255) aTCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGc < 1:1705774/149‑1 (MQ=255) aTCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGc > 2:2998472/1‑149 (MQ=255) aTCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGc < 2:507955/149‑1 (MQ=255) tCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCt < 2:3643533/149‑1 (MQ=255) ccGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCtt < 2:3830128/149‑1 (MQ=255) ccGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCtt < 1:2514986/149‑1 (MQ=255) ccGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCtt < 1:1441170/149‑1 (MQ=255) 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tGAATGCGGGGGAGCGTGGTTTAATAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGAAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCttt < 1:2903396/149‑1 (MQ=255) gAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTa > 1:3435879/1‑149 (MQ=255) gAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTa < 2:1631756/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATc < 2:2201018/149‑1 (MQ=255) aTGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACTAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATc < 1:223861/149‑1 (MQ=255) tGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCa > 2:4584746/1‑149 (MQ=255) gCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCaa < 2:1736946/149‑1 (MQ=255) ggggAGCGTGTTTTAATATTTTTTATTTGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGa < 1:1600876/149‑1 (MQ=255) gggAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGAAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGAc < 1:3183586/149‑1 (MQ=255) ggAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCAATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGAct < 2:3355767/149‑1 (MQ=255) gAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGActc < 1:382761/149‑1 (MQ=255) gCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCtt < 1:225502/149‑1 (MQ=255) gCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCtt > 1:864844/1‑149 (MQ=255) gTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTg > 1:3143175/1‑149 (MQ=255) tACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGAcc < 2:2278283/149‑1 (MQ=255) tAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCttt < 1:637395/149‑1 (MQ=255) tAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCttt < 1:2976136/149‑1 (MQ=255) aTTTTTATATGCTATATAAACCGAAACATTAAATCCAGCTTGCATTTAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTcc < 1:2109400/149‑1 (MQ=255) aTTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTcc > 1:1180291/1‑149 (MQ=255) ttATATGCAATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTCCAGGa < 2:4208825/149‑1 (MQ=255) atatGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTCCAGGAtt < 2:1188035/149‑1 (MQ=255) gCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTCCAGGATTAAtt > 1:101183/1‑149 (MQ=255) | TTGTTAAAACCTTTGATTAAGTCTGAATCCGAACTTACGGTGGACGCAAGCATAACCGCAAAACCCTTTTTTGAACGTTATGGTTTTCAGACAGTTAAGCAGCAGCGCGTTGAATGCCGGGGAGCGTGGTTTACTAATTTTTATATGCGATATAAACCGCAACATTAAATCCAGCTTGCAATGAAAATAACGCCCGCCTGGTATGTGCGCGTTTTCTGATTCCACAAACTGCAAGGAGGTAAATCATGACAAATCCTTTATCAATGACTCTTTGCAGACCTTTCCAGGATTAATTCT > CP009273/249481‑249777 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |