| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,378,591 | G→A | 6.8% | intergenic (+59/‑306) | argR → / → yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,378,591 | 0 | G | A | 6.8% | 872.4 / 34.3 | 255 | intergenic (+59/‑306) | argR/yhcN | l‑arginine‑responsive arginine metabolism regulon transcriptional regulator/cadmium and peroxide resistance protein, stress‑induced |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/136); new base A (13/4); total (114/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.47e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
GATGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTCATTCACACAATGAATACATAAGGTAAAAAAAGCACATTATGCAAAATTCATTATCTAATTGAAAAAACTAGAATTAACGATAAATAACCGTATTTTTA > CP009273/3378443‑3378739 | aTGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGc < 1:2802308/149‑1 (MQ=255) tGACACCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCt > 1:1056960/1‑149 (MQ=255) cacCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTc < 2:4145689/149‑1 (MQ=255) cacCATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCGCTCAACCCCCTGCTTTc > 1:1961503/1‑149 (MQ=255) cATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTcccc < 1:1127106/149‑1 (MQ=255) cATCTTTACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTcccc > 2:4485333/1‑149 (MQ=255) tACCACCCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGAt < 2:4662993/149‑1 (MQ=255) ccaccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa > 1:1361147/1‑149 (MQ=255) ccaccCCTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTa > 1:3264290/1‑149 (MQ=255) ccccTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAAtt > 2:2859820/1‑149 (MQ=255) ccccTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAAtt < 1:3051803/149‑1 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTaa < 1:1655853/149‑1 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTaa > 2:202299/1‑149 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTaa > 1:2113887/1‑149 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCAGCTTTCCCCTGCGATTAATTTaa > 1:789718/1‑149 (MQ=255) cTGCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCAGACCGCGCGGAAAAATTTGCTTATCACACTCCACCCCCATCTTTCCCCGGCGattaaattaa > 1:3142050/1‑149 (MQ=255) cTGCGAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTaa < 1:3682780/149‑1 (MQ=255) gCTAACGGTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACg > 1:3511738/1‑149 (MQ=255) ggTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGt < 1:781966/149‑1 (MQ=255) ggTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGt < 1:4155696/149‑1 (MQ=255) gTTTCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATACCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTg > 1:2099287/1‑149 (MQ=255) tCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGt < 1:797371/149‑1 (MQ=255) tCACAGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGt < 1:3697991/149‑1 (MQ=255) cacaGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGtt < 2:1532528/149‑1 (MQ=255) cacaGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGtt < 1:600316/149‑1 (MQ=255) acaGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGttt < 1:3953551/149‑1 (MQ=255) caGTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTTCGATTAAATTAACGAATAGTGCGtttt > 1:1001593/1‑149 (MQ=255) gTCAAAGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGACAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTACTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATATTGCGTTTTAc > 1:4548178/1‑149 (MQ=255) aaGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCg > 2:14882/1‑149 (MQ=255) aaGACCTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCg > 2:236907/1‑149 (MQ=255) ccTGTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACAt < 1:1432203/149‑1 (MQ=255) gTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTc < 2:2631709/149‑1 (MQ=255) gTACGAAGCGATTTTAGAGCTGTTCGACCAGGAGCTTTAATCTCTGCCCCGTCGTTTCTGACGGCGGGGAAAATGTTGCTTATCCCTCTCAACCCCCTGCTTTCCCCTGCGATTAATTTAACGAATAGTGCGTTTTACTGCGACATGTc < 2:3024090/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |