| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,469,887 | A→T | 8.2% | intergenic (‑88/+79) | yheO ← / ← fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,469,887 | 0 | A | T | 8.2% | 648.2 / 4.8 | 242 | intergenic (‑88/+79) | yheO/fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (126/81); new base T (2/24); total (132/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGCCTTCGGCGCTGGTTTC > CP009273/3469740‑3470035 | aGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAg > 2:3844030/1‑149 (MQ=255) ggACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAgg < 2:2867501/149‑1 (MQ=255) cGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTc < 2:320551/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |