| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,616,785 | T→C | 5.5% | *1412Q (TAA→CAA) C9C (TGT→TGC) |
rhsB → yhhH → |
Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,616,785 | 0 | T | C | 5.5% | 755.0 / 23.9 | 217 | *1412Q (TAA→CAA) C9C (TGT→TGC) | rhsB yhhH | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/98); new base C (9/3); total (116/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
TGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGTAAAAAAATATTGTTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAG > CP009273/3616637‑3616933 | tGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGt > 2:1341733/1‑149 (MQ=255)tGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGt > 1:4678665/1‑149 (MQ=255)tGAGAAAATAGTTAAAAGTAAAGATAACAATATCAAGTCATTTTATTTAGGTACGCCCAGTGGTAATTTTAAAGCAATAGATAACCACGGGAAGGAAATAACAAACAGAAAAGGATTACCTAATGTCTGCAGAGTTCATGGTAATATGt > 1:2729152/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |