| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,627,315 | G→T | 9.0% | pseudogene (504/1194 nt) | yhiL ← | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,627,315 | 0 | G | T | 9.0% | 1067.2 / 61.2 | 293 | pseudogene (504/1194 nt) | yhiL | pseudogene, DUF4049 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/130); new base T (9/18); total (145/148) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCTATGATAGAAAGCCCATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAAT > CP009273/3627170‑3627462 | aaaaTAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTTTTTATAGAAGTATATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAAt < 1:3536852/149‑1 (MQ=255) aaaTAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAAtt > 2:2799728/1‑149 (MQ=255) aaaTAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAAtt > 1:1440639/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |