| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,635,421 | C→T | 11.8% | G400G (GGC→GGT) | dtpB → | dipeptide and tripeptide permease B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,635,421 | 0 | C | T | 11.8% | 817.1 / 75.9 | 263 | G400G (GGC→GGT) | dtpB | dipeptide and tripeptide permease B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (128/103); new base T (19/12); total (148/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGA > CP009273/3635273‑3635569 | tcGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGc < 1:976959/149‑1 (MQ=255) gCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTg > 2:3134657/1‑149 (MQ=255) cATGTTTAGGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTgg < 2:3277901/149‑1 (MQ=255) 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aCTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGaca > 1:1604462/1‑149 (MQ=255) tGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGacaac > 2:2052238/1‑149 (MQ=255) gTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGacaaca > 2:1738912/1‑149 (MQ=255) tttATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACAt > 2:3245938/1‑149 (MQ=255) tttATTAGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACAt > 2:200589/1‑149 (MQ=255) ttattaGCGCCCTTGGTCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACAtt > 1:3498375/1‑149 (MQ=255) tattaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTa < 1:1104054/149‑1 (MQ=255) tattaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTa < 2:449828/149‑1 (MQ=255) tattaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTa > 2:4228873/1‑149 (MQ=255) ttaGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTAcc > 1:2675330/1‑149 (MQ=255) atcgcCATTTGACTGGCGAAGATTGCTGCCCTGTTTCCGCAGCATTTGATGGGATTAATAATCGGGATGTGGATCCTGACGCAGGCTGCCGCGGTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGAGGGGCCGGACAACATTACCGa > 2:2677843/3‑149 (MQ=255) gcgcCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGAt < 1:4256297/149‑1 (MQ=255) cgcCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATc < 1:1949354/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGc > 1:2725571/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCt > 1:3137214/1‑149 (MQ=255) ttGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCtt > 1:4327453/1‑149 (MQ=255) ccTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTAGTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTgaga < 1:3268145/149‑1 (MQ=255) | TCGGCATGTTTATGTGCTCACTGGGCTTTTTGACGGCGGCAGCTGCGGGAATGTGGTTTGCGGATGCACAAGGGCTGACATCGCCATGGTTTATCGTGCTGGTGTACTTATTCCAGAGCTTAGGTGAACTGTTTATTAGCGCCCTTGGCCTGGCGATGATTGCTGCCCTGGTGCCGCAGCATTTGATGGGCTTTATTCTCGGGATGTGGTTCCTGACGCAGGCTGCCGCGTTCTTGCTGGGCGGCTATGTGGCAACATTTACCGCGGTGCCGGACAACATTACCGATCCGCTTGAGA > CP009273/3635273‑3635569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |