Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,837,177 | C→T | 44.4% | intergenic (‑28/‑147) | yicO ← / → ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 44.4% | 139.7 / inf | 286 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/89); new base T (57/70); total (127/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.16e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
AAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837029‑3837325 | aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc > 1:3879762/1‑149 (MQ=255) aaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATtcc > 2:3017808/1‑149 (MQ=255) aaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATccc < 1:1160057/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |