| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,181,800 | G→T | 7.5% | S255* (TCG→TAG) | thiG ← | thiamine biosynthesis ThiGH complex subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,181,800 | 0 | G | T | 7.5% | 1272.7 / 57.0 | 335 | S255* (TCG→TAG) | thiG | thiamine biosynthesis ThiGH complex subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (150/160); new base T (18/7); total (168/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CAGGCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAAT > CP009273/4181652‑4181945 | ggCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGAt < 1:1214372/149‑1 (MQ=255) gCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATg < 2:2871022/149‑1 (MQ=255) gATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGcc < 2:1215898/149‑1 (MQ=255) gATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGcc < 2:4341023/149‑1 (MQ=255) aCAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCa < 1:1115915/149‑1 (MQ=255) gcCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAAt < 1:2564646/149‑1 (MQ=255) catcatGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCAACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATcc < 2:3000702/149‑1 (MQ=255) tGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCa < 2:1815592/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAg > 1:1006679/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCACCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAg > 1:1472652/1‑149 (MQ=255) cgtcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCg < 1:3435796/149‑1 (MQ=255) cgtcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCg < 1:270629/149‑1 (MQ=255) tcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCggg > 2:4033186/1‑149 (MQ=255) tcgCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCggg > 2:1084258/1‑149 (MQ=255) cgcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGc < 2:2886663/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt < 1:2889853/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt < 2:800336/149‑1 (MQ=255) gcgGGTGAGTTGCGAGCCAATTAGCGCCCCCTCAACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGATGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCCCTGACGGTTTTCCTGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCt < 2:483267/149‑1 (MQ=255) 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ttGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGACATg < 2:555824/149‑1 (MQ=255) ggCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATACGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCaaa > 1:4049664/1‑149 (MQ=255) aTTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATa > 2:1304773/1‑149 (MQ=255) tttAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATaa < 2:2627401/149‑1 (MQ=255) tAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACt < 2:4647534/149‑1 (MQ=255) tAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACt < 2:2306598/149‑1 (MQ=255) aGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTg > 1:3155675/1‑149 (MQ=255) aGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTg < 2:3951089/149‑1 (MQ=255) aGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTg > 2:3725544/1‑149 (MQ=255) gcgcCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGc < 1:2967307/149‑1 (MQ=255) 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tccagtTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGcc > 2:2590272/1‑149 (MQ=255) ccagtTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCt < 1:1158058/149‑1 (MQ=255) cagtTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCtt < 1:1647769/149‑1 (MQ=255) ttGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGc > 1:378208/1‑149 (MQ=255) tCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCAt < 2:1454682/149‑1 (MQ=255) tCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCAt < 1:4441826/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGATCGCTGACGGTTGTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCACAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGt < 2:3419147/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGt < 2:1015282/149‑1 (MQ=255) aGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGa > 1:3574826/1‑149 (MQ=255) gCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGAc > 2:3468868/1‑149 (MQ=255) 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tGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGt > 1:475529/1‑149 (MQ=255) tGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGt < 1:806446/149‑1 (MQ=255) tGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGt < 2:1986549/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTc > 2:4494536/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTTCATGCCTATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTcc < 1:1337749/149‑1 (MQ=255) ttttCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGa > 2:540576/1‑149 (MQ=255) tCATGCCTATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACgg > 1:1794345/1‑149 (MQ=255) tGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCaa > 1:239059/1‑149 (MQ=255) tGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCaa < 2:4236999/149‑1 (MQ=255) tGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCaa > 1:3519483/1‑149 (MQ=255) tGCCGAGGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCaa < 2:3737720/149‑1 (MQ=255) gCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAAt < 2:4287565/149‑1 (MQ=255) | CAGGCGATAACAGCGCCATCATGTCGTCGCGGGTGAGTTGCGAGGCATTTAGCGCCCGCTCTACGTCAGCAGCCGTTTTGCCGTTGATACGCAGGCGGATGTCGTCCCAGTCCAGTTGTCGCCAGCGATCGCTGAAGGTTTTCATGCCGATGCCTCCAGAAATCCGGTCAGCGGGCTGGTGGCATGAGCAAAATAACTGCGGCTGCCCGGTCCGGACTGACGTGCCAGTAGGCCTGCTTCTACCGCCAGACGAAATGCCTTCGCCATGTTGACGGGATCGTCCGCGACGGCAAT > CP009273/4181652‑4181945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |