Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,303,256 | G→T | 19.0% | V30V (GTG→GTT) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,303,256 | 0 | G | T | 19.0% | 658.2 / 122.0 | 232 | V30V (GTG→GTT) | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/94); new base T (27/17); total (121/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAGTCGCACTGGCTGTTGCTGGCGGAGAGGTTGATGGCGGGATTTTGATTTGTGGTACTGGCGTCGGTATTTCGATAGCGGCGAACAAGTTTG > CP009273/4303109‑4303404 | cATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGtgatt > 1:1405500/1‑149 (MQ=255) aTTAGCATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATGTAGTTGAGCGTGGCGGTGAagtgagtg > 2:4063853/1‑149 (MQ=255) aTTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGtgattg > 2:4634213/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |