Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,436,661 | C→A | 12.4% | N911K (AAC→AAA) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,436,661 | 0 | C | A | 12.4% | 861.1 / 71.7 | 248 | N911K (AAC→AAA) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/101); new base A (16/15); total (132/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CAGCGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATG > CP009273/4436513‑4436808 | cagcGGGGATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAc < 1:1942818/149‑1 (MQ=255) ggATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATg > 1:29824/1‑149 (MQ=255) gATGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATgc < 2:4508125/149‑1 (MQ=255) aTGGTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATgcg > 2:3530667/1‑149 (MQ=255) ggTGAGTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCt < 2:39408/149‑1 (MQ=255) gTGCCAACTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTCTGCGCTCGACg > 2:3387382/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGc > 2:892190/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAAAGGTATGCGCTCGACGCTTGc > 1:3729689/1‑149 (MQ=255) aCTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGcc < 1:3340987/149‑1 (MQ=255) cTTGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCg > 1:4143473/1‑149 (MQ=255) tGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGt > 2:409366/1‑149 (MQ=255) tGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGCAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGt > 2:3626367/1‑149 (MQ=255) tGCGTCTGGGTGGTGATGTGCAAAGCCCGAAGTTGTTTGGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGATTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTATCGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGt < 1:3956341/149‑1 (MQ=255) 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gTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGt > 1:3176264/1‑149 (MQ=255) tCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTg > 1:2650286/1‑149 (MQ=255) cAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgc < 1:1842900/149‑1 (MQ=255) cAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgc < 2:1805317/149‑1 (MQ=255) aaCTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTgcc > 1:1324527/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |