Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,469,550 | G→A | 61.6% | A2T (GCT→ACT) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,469,550 | 0 | G | A | 61.6% | 168.5 / 249.6 | 203 | A2T (GCT→ACT) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/42); new base A (60/65); total (96/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CTCTCTTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAATGTAA > CP009273/4469402‑4469698 | tctctTCTTACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGc > 1:2996499/1‑149 (MQ=255) tcttccTACGTCCGCCAGCGACTTATACAGTAATCAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTc < 2:2509323/149‑1 (MQ=255) cttcttACGTACGCAAGCGACTTATAAAGTAATAAAGTTTTTGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCa > 1:3590648/1‑149 (MQ=255) 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ttGCCAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCgtttgtt < 2:361588/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGttttt > 1:3481490/1‑149 (MQ=255) gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 2:4252460/149‑1 (MQ=255) gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt > 2:427449/1‑149 (MQ=255) gCCTATTACTGATAAGAGTATTGTAACGTGGCAGAACATTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCAt < 2:3443434/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |