Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 401,692 | T→C | 6.3% | intergenic (+14/‑169) | yaiI → / → aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 401,692 | 0 | T | C | 6.3% | 1069.6 / 43.1 | 315 | intergenic (+14/‑169) | yaiI/aroL | UPF0178 family protein/shikimate kinase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (140/155); new base C (4/16); total (144/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
GCGATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGTATAGTAAGGGGTGTATTGAGATTTTCACTTTAAGTGGAATTTTTTCTTTACAATCGAAATTGTACTAGTTTGATGGTATGATCGCTATTCTCATGACACCGGCTTTCGCCGCATTGCGA > CP009273/401545‑401840 | gcgATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTattatt < 1:3580477/149‑1 (MQ=255) gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTa < 1:683707/149‑1 (MQ=255) gATTTTATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTa > 2:689774/1‑149 (MQ=255) ttttATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTaca > 2:1476236/1‑149 (MQ=255) tttATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTACTTacac < 1:2951108/149‑1 (MQ=255) tATGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACtt > 1:1320209/1‑149 (MQ=255) aTGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTc > 1:1602033/1‑149 (MQ=255) aTGGATACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTc > 1:1603925/1‑149 (MQ=255) aTACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTc < 1:1711531/149‑1 (MQ=255) tACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCt < 2:2910381/149‑1 (MQ=255) tACCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCt < 1:2828634/149‑1 (MQ=255) aCCTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCtt > 1:4345506/1‑149 (MQ=255) ccTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTg < 2:2986035/149‑1 (MQ=255) cTTACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGa < 2:2588652/149‑1 (MQ=255) ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGaa > 2:146186/1‑149 (MQ=255) ttACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGaa > 1:3094084/1‑149 (MQ=255) tACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 2:1757109/1‑149 (MQ=255) tACGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAat > 1:2013636/1‑149 (MQ=255) aCGTGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAata < 2:624252/149‑1 (MQ=255) tGCCAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGACGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAtattt > 2:2858573/1‑149 (MQ=255) ccAGTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAAtatttat < 1:373681/149‑1 (MQ=255) gTGGGATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTgg < 2:2123978/149‑1 (MQ=255) ggATCCAGACCGGCGGACCAGATAGCCTTTCACAACGTGACCGCCAGGCCTTTGCCGCGGAGCTGGAGAAGTGGTGGCTGGAAGTGCAACGTAGTCGTGGCTAAATGTAATTTATTATTTACACTTCATTCTTGAATATTTATTGGtat < 2:1518819/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |