| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 433,551 | G→T | 87.4% | S14Y (TCC→TAC) | yajO ← | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 433,551 | 0 | G | T | 87.4% | 742.0 / 98.7 | 261 | S14Y (TCC→TAC) | yajO | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/18); new base T (108/120); total (123/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGGAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGTTTGC > CP009273/433405‑433699 | gAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAc > 2:381640/1‑149 (MQ=255) aaTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCACAGTCGGTAAAcg > 2:3546522/1‑149 (MQ=255) aaTAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAAcg > 2:340664/1‑149 (MQ=255) 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cATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGc > 2:307207/1‑149 (MQ=255) aTACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCt < 2:547601/149‑1 (MQ=255) tACAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTc < 1:739807/149‑1 (MQ=255) aCAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTcc < 2:2587273/149‑1 (MQ=255) cAGCCGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCt < 2:3257603/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |