Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 43,550 | G→A | 5.8% | A121A (GCG→GCA) | fixB → | putative electron transfer flavoprotein, NAD/FAD‑binding domain and ETFP adenine nucleotide‑binding domain‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 43,550 | 0 | G | A | 5.8% | 1117.8 / 35.6 | 310 | A121A (GCG→GCA) | fixB | putative electron transfer flavoprotein, NAD/FAD‑binding domain and ETFP adenine nucleotide‑binding domain‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (150/141); new base A (6/12); total (157/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CTGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGC > CP009273/43402‑43698 | cTGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCg > 1:2952207/1‑149 (MQ=255) tGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGa > 2:656228/1‑149 (MQ=255) tGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGa < 2:4546503/149‑1 (MQ=255) 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gTACAGGACGGTAAAGCAACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAAc < 2:2520428/149‑1 (MQ=255) aCAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGc > 1:4068264/1‑149 (MQ=255) cAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGca > 2:3763544/1‑149 (MQ=255) cAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGca > 2:2000696/1‑149 (MQ=255) gACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCacac > 2:3947523/1‑149 (MQ=255) 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aGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACGGGCGAAACGCACACCGTGGAGt < 2:3113303/149‑1 (MQ=255) gACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGc < 2:2497338/149‑1 (MQ=255) | CTGACACTATTCGCCAGCACGGCGCAGACGGCCTGGTGCTGCTGCCAAACACCCGTCGCGGCAAATTACTGGCGGCAAAACTGGGTTATCGCCTTAAAGCGGCGGTGTCTAACGATGCCAGCACCGTCAGCGTACAGGACGGTAAAGCGACAGTGAAACACATGGTTTACGGTGGTCTGGCGATTGGCGAAGAACGCATTGCCACGCCGTATGCGGTACTGACCATCAGCAGCGGCACGTTCGATGCGGCTCAGCCAGACGCGTCACGCACTGGCGAAACGCACACCGTGGAGTGGC > CP009273/43402‑43698 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |