| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 553,502 | 0 | C | A | 9.2% | 916.6 / 48.9 | 246 | intergenic (‑305/‑166) | folD/sfmA | bifunctional 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate dehydrogenase/ 5,10‑methylene‑tetrahydrofolate cyclohydrolase/FimA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/110); new base A (12/11); total (125/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GTCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCGGAAGTATTCATCTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATG > CP009273/553355‑553650 | tCCATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCgg < 1:3339201/149‑1 (MQ=255) cATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATATTTGTGTTGAATATATTTTGCGCGGaa < 2:2170060/149‑1 (MQ=255) cATGATGGCGTTGTAAATCTGGAACTGATTTATTTCCTTGTCTAAGGATTAAGATAATTTAAGAAATACCTGACAATATAAAAAGAATTTTCAGCCTGGTAATTTACCGCTTCAGGTCTATAGTTGTGTTGAATATATTTTGCGCGGac > 1:3633864/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |