| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 581,203 | A→T | 8.0% | intergenic (‑114/‑310) | ompT ← / → pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 581,203 | 0 | A | T | 8.0% | 958.8 / 59.8 | 274 | intergenic (‑114/‑310) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (130/122); new base T (13/9); total (143/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGT > CP009273/581055‑581350 | ttGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTAt < 1:1961390/149‑1 (MQ=255) gTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATca > 2:1450631/1‑149 (MQ=255) aGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACaa > 2:3205280/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |