| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 124 (0.420) | 83/276 | NT | 53.7% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 386403 | 107 (0.360) | pseudogene (697/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376858‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < CP009273/386403‑386256 TTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGG < 2:2338050/149‑1TTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGG < 2:2338080/149‑1 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2:453496/149‑1 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTA < 2:4019257/149‑1 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTA < 2:4000138/149‑1 GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTACTTCGGTAGTGTAGGTT > 2:396841/1‑149 GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTT < 1:491596/149‑1 GCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGT < 2:3482287/149‑1 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1:1417879/1‑149 CATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAA < 1:4110478/149‑1 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAAT < 1:433181/149‑1 ATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAAT < 1:433127/149‑1 TCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATA < 1:1903028/149‑1 ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCT > 2:2746016/1‑149 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1:3652570/149‑1 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTAT < 1:1967266/149‑1 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTAT < 1:4140407/149‑1 GGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCAT < 1:1937532/149‑1 GGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCAT < 1:4865806/149‑1 GGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATT < 2:360418/149‑1 GGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATT < 2:361271/149‑1 GCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTT > 1:5103982/1‑149 GCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTT < 2:1199873/149‑1 AGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTG < 2:3904334/149‑1 AGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTG < 1:254124/149‑1 TCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTG > 1:523768/1‑149 TAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCT > 2:5174587/1‑149 AATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < 2:320206/149‑1 AATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < 1:527791/149‑1 AATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < 2:2944537/149‑1 TTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376858‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCTT < CP009273/386403‑386256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |