| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 275 (0.920) | 136/276 | NT | 96.5% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | 566411 = | 10 (0.030) | coding (63/552 nt) | ybcL | inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor; DLP12 prophage; secreted protein, UPF0098 family | |||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTAAC > CP009273/566411‑566557 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 2:303796/1‑149GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA < 2:3254973/149‑1 ATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 2:5245030/1‑149 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATT > 1:1081824/1‑149 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATT < 2:3893545/149‑1 TCTTGTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATT < 2:4350272/149‑1 CTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTT < 1:826771/149‑1 TTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCA < 2:257718/149‑1 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGG < 1:3970850/149‑1 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGG > 1:235686/1‑149 TCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAAATAGTATTAATACTATCACTTATTTAATTTATATTTGTTTTATTTATATTAAGGGGGCCAGTATAATTagtta > 2:3118800/1‑144 CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTC > 2:2797863/1‑149 GTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAATAAATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTA < 1:606527/149‑1 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AGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAG < 1:3446180/149‑1 GGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGC > 1:5055861/1‑149 GGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCT < 2:1491694/149‑1 GGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTT > 2:1809631/1‑149 GCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTG > 1:1803835/1‑149 CCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGC > 1:3833025/1‑149 CCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGC < 2:2291271/149‑1 CCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGC > 1:517558/1‑149 AGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCG > 2:4743914/1‑149 TAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTAAC < 1:303796/149‑1 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTAAC > CP009273/566411‑566557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |