New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | CP009273 | = 1635223 | 23 (0.080) | 192 (0.640) | 111/276 | NT | 89.3% | intergenic (‑381/+373) | essQ/cspB | Qin prophage; putative S lysis protein/Qin prophage; cold shock protein |
? | CP009273 | = 1645805 | NA (NA) | intergenic (+11/‑3) | insD1/intQ | IS2 transposase TnpB;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related/pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related |
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AAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCAT > CP009273/1635076‑1635368 | aaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTt > 1:5067301‑M1/1‑148 (MQ=255) aaaCTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTg > 2:3291700/1‑149 (MQ=255) cAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTtggatt < 1:4852646‑M1/149‑7 (MQ=255) 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aGCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttct < 1:434475‑M1/149‑146 (MQ=255) aGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTtgccat > 2:3348450/1‑149 (MQ=255) | AAACTCAAAATCACGCCGTAATTATCTCGTTAAATGTTCCTGCCCAAACTGCACCCAAGAGTCAGAACACAGTTTTTCAAGAGTACAAAAAGGTGCCCTTTTGATCTGCCCTCATTGCAACAAAGTATTCCAGACAAATCTTAAAGCTGTAGCCTGATTGATTTTATTAGTAACAAGTATTTTTTATATTTTAATAATATATTTAAAGCAGATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCAT > CP009273/1635076‑1635368 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |