| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 760,181 | G→T | 8.2% | P182P (CCG→CCT) | sucD → | succinyl‑CoA synthetase, NAD(P)‑binding, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 760,181 | 0 | G | T | 8.2% | 1138.1 / 51.5 | 303 | P182P (CCG→CCT) | sucD | succinyl‑CoA synthetase, NAD(P)‑binding, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (126/151); new base T (19/7); total (145/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AAAATCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATCCCGGGCTCTAACTTTATCGACATTCTCGAAATGTTCGAAAAAGATCCGCAGACCGAAGCGATCGTGATGATCGGTGAGATCGGCGGTAGCGCTGAAGAAGAAGCAGCTGCGTACATCAAAGAGCACGTTACCAAGCCAGTTGTGG > CP009273/760035‑760329 | aaaaTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGAt < 2:1537132/149‑1 (MQ=255) aaTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATcc > 1:1705616/1‑149 (MQ=255) aTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATccc > 1:5184923/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |