Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 868,618 | G→T | 9.1% | E62* (GAA→TAA) | yliE → | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 868,618 | 0 | G | T | 9.1% | 944.7 / 53.7 | 259 | E62* (GAA→TAA) | yliE | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/115); new base T (15/9); total (135/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
GATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGT‑CTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGAACGTTCGGCCCTGACATTAAAGGACTCACTGTATTTATTAAAAAATACAGAGGAGATTCAACGCGCCGTGATTCTTAAAATGGAAATGATGCCATTTTTAGACTCGGTGGGACTGGTACTTGATGATAATAAATATTATCTTTTT > CP009273/868470‑868764 | gATAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGT‑CTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTg > 2:1848319/1‑149 (MQ=255) tAATTTTATTTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGT‑CTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGaa < 2:1969776/149‑1 (MQ=255) tAATTTTATGTTTATTGGCAGCACTGTCATTTATTGGT‑CTTTTTTTCATCATTAACTATCAACTGGTATCGGAGCGCGCGGTAAAACGTGCCGATAGCCGCTTTGAACTTATTCAGAAAAACGTTGGCTATTTCTTTAAAGATATTGaa < 2:2101258/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |