Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,136,758 | T→A | 10.3% | A1022A (GCA→GCT) | rne ← | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,136,758 | 0 | T | A | 10.3% | 1031.5 / 86.5 | 301 | A1022A (GCA→GCT) | rne | fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA‑binding protein/RNA degradosome binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (138/132); new base A (17/14); total (155/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCAACA > CP009273/1136610‑1136905 | cAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTg > 1:1523112/1‑149 (MQ=255) gggCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGcc > 2:1446386/1‑149 (MQ=255) ggCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCt < 2:3195284/149‑1 (MQ=255) ttACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAAc > 1:3289116/1‑149 (MQ=255) cTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACata < 1:868844/149‑1 (MQ=255) cTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACata > 2:2557997/1‑149 (MQ=255) tttGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACatat < 1:5061474/149‑1 (MQ=255) gAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTcc < 1:5189974/149‑1 (MQ=255) aGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCg < 2:1517561/149‑1 (MQ=255) cTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGt > 2:3113119/1‑149 (MQ=255) cTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACATATTCCGGt > 1:4306523/1‑149 (MQ=255) tAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTg > 2:4385378/1‑149 (MQ=255) aaTTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGc < 1:445396/149‑1 (MQ=255) attattACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCt > 2:473049/1‑149 (MQ=255) ttattaCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGGGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTg > 1:2885188/1‑149 (MQ=255) attaCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGa > 2:2180912/1‑149 (MQ=255) aCTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAgcg > 2:1307226/1‑149 (MQ=255) tCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAgcgcg > 2:2203291/1‑149 (MQ=255) aaCAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCACAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGcgcgcg > 2:2900777/1‑149 (MQ=255) aaCAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGcgcgcg > 2:611102/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCAt > 2:3505661/1‑149 (MQ=255) ggTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCAt < 2:4636751/149‑1 (MQ=255) ttGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTg > 1:3156899/1‑149 (MQ=255) tGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTgg < 2:3936395/149‑1 (MQ=255) gCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGgc > 1:1018160/1‑149 (MQ=255) cGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGgcg > 1:1919026/1‑149 (MQ=255) gACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGcgcg > 1:1076517/1‑149 (MQ=255) gACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGcgcg > 1:3889761/1‑149 (MQ=255) cAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCg > 1:2977202/1‑149 (MQ=255) aGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGt < 1:582909/149‑1 (MQ=255) ggAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTg < 1:1708421/149‑1 (MQ=255) ggAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTg > 2:1242948/1‑149 (MQ=255) ggCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTAt < 1:5021448/149‑1 (MQ=255) cAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGc < 2:4001341/149‑1 (MQ=255) agagGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCt > 1:1805687/1‑149 (MQ=255) gagGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTc > 2:301435/1‑149 (MQ=255) gagGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTc > 1:3226240/1‑149 (MQ=255) gagGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTc > 1:4616771/1‑149 (MQ=255) ggCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCaa < 1:339506/149‑1 (MQ=255) ggCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCaa > 2:3424770/1‑149 (MQ=255) ggCATGAAGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTCGGGCGATGCCAGTCACTGTGACGCGGAGCCTCCGGAACAAATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGTCGCGGTAGCGAGGTTATGCTCaa > 2:92467/1‑149 (MQ=255) atgTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGa > 2:2812684/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACGGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTCGCGTGGTTATGCTCAACGGTGAcc > 2:5192901/1‑149 (MQ=255) 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gTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGcaaca < 2:2009012/149‑1 (MQ=255) gTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGcaaca < 2:1853752/149‑1 (MQ=255) | CCAGGGCTTGATTACTTTGAGCTAATTATTACTCAACAGGTTGCGGACGCGCAGGAGCGGCAGAGGCATGATGTGTTGCCGTATGACCACCTGCGGCACCTTTACCTTCGAAGGCAAAAGTAGGGCGCTGCCAGTCACTGTGACGCGGTGCCTCCGGAACATATTCCGGTGCTGGAGCGCGCGTCATTGGCGCGGTAGCGTGGTTATGCTCAACGGTGACCTCAGGTTCGACCGCAGCTACCGTTTCAACTTCTGCTGCGACTTCAGCGACTACTGGCGCGGCAGGTTGAGCAACA > CP009273/1136610‑1136905 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |