Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,245,461 | C→A | 8.2% | V278V (GTG→GTT) | dhaK ← | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,245,461 | 0 | C | A | 8.2% | 1057.8 / 52.2 | 280 | V278V (GTG→GTT) | dhaK | dihydroxyacetone kinase, PTS‑dependent, dihydroxyacetone‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (108/149); new base A (5/18); total (113/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
AACCGGTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTGTTGTTCTTCCTGCCAACTGCCTTGTTGATAATCCCAGAAACGCAAAGTGCGATGGTATGAGCCATTTACCAGCAGGGTGTCGAACATTTCATCGACGGTTTGATCAAGGGAAG > CP009273/1245313‑1245609 | aaCCGGTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATc < 1:4602794/149‑1 (MQ=255) aaCCGGTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGAGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATc > 2:4188936/1‑149 (MQ=255) aCCGGTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCa > 2:1116416/1‑149 (MQ=255) ggTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCAccc < 2:4023994/149‑1 (MQ=255) ggTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCAccc < 2:1404514/149‑1 (MQ=255) ggTCATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCAccc < 2:3187672/149‑1 (MQ=255) cATATCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGAt > 1:2837473/1‑149 (MQ=255) tatCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCg > 1:3976721/1‑149 (MQ=255) atCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGc > 2:175561/1‑149 (MQ=255) atCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGc > 2:2761750/1‑149 (MQ=255) tCCAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATAACCCGATCGcc > 1:2464182/1‑149 (MQ=255) ccAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCa > 1:3741774/1‑149 (MQ=255) ccAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCa < 2:1654449/149‑1 (MQ=255) ccAGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCa < 2:3538687/149‑1 (MQ=255) aGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGa > 2:3003759/1‑149 (MQ=255) aGTGAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGa < 2:4417469/149‑1 (MQ=255) gAGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTg < 1:2187852/149‑1 (MQ=255) aGGTGCAGTACGCGCCAATTAAATTACGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTgg > 1:2682564/1‑149 (MQ=255) 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attaCGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTgttgtt > 1:4822169/1‑149 (MQ=255) taCGTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTGTTGttct < 1:4341224/149‑1 (MQ=255) gTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTGTTGTTCTTcc > 1:1007734/1‑149 (MQ=255) gTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTGTTGTTCTTcc > 2:5226020/1‑149 (MQ=255) gTTCGATAGTCAATCCCGCTTGCTGGCAACGTGTGGTCAGGCGGTTATAGACGCCGTACAGCTCAGAAAGCGGAGTTGCGCCAAGATTGTTAACCAGCGCAATCACCCGATCGCCAGACTGGAGCGGTTGTTTGGTTTGTTGTTCTTcc > 2:2091488/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |