Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,247,376 | G→T | 10.8% | V285V (GTG→GTT) | dhaR → | dhaKLM operon transcription activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,247,376 | 0 | G | T | 10.8% | 1063.2 / 78.0 | 296 | V285V (GTG→GTT) | dhaR | dhaKLM operon transcription activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/153); new base T (12/20); total (123/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCC > CP009273/1247228‑1247524 | tGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTg < 1:3383111/149‑1 (MQ=255) tGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTg < 2:2416857/149‑1 (MQ=255) gACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCt < 2:4904974/149‑1 (MQ=255) cgcgACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTa < 2:1688296/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGa < 2:4520859/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata < 2:5008728/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGataata > 1:3290359/1‑149 (MQ=255) tCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAg > 2:2136321/1‑149 (MQ=255) aGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaa < 2:4282885/149‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa < 1:1487854/149‑1 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa > 2:3457248/1‑149 (MQ=255) gggACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGaaa < 1:5053042/149‑1 (MQ=255) cGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCa > 2:4352136/1‑149 (MQ=255) aTCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAAc > 2:3695242/1‑149 (MQ=255) aTCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAAc > 1:2384325/1‑149 (MQ=255) tCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAAcc < 2:1434175/149‑1 (MQ=255) cACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCa < 2:883969/149‑1 (MQ=255) tGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCt < 1:3913754/149‑1 (MQ=255) 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gTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgt < 1:4426521/149‑1 (MQ=255) gTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgt < 2:3130322/149‑1 (MQ=255) gTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgt > 1:802471/1‑149 (MQ=255) tATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCtgtg > 2:2529080/1‑149 (MQ=255) tGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGaa < 2:4158231/149‑1 (MQ=255) 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aGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTtgatg < 2:1571709/149‑1 (MQ=255) acaTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCa < 2:2858588/149‑1 (MQ=255) acaTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCa > 2:4204627/1‑149 (MQ=255) caTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAg > 1:2020197/1‑149 (MQ=255) aTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGt < 1:971134/149‑1 (MQ=255) 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cAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCcaca > 2:574400/1‑149 (MQ=255) gTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAgg > 1:2625773/1‑149 (MQ=255) gTTTATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAgg > 1:4501292/1‑149 (MQ=255) tttATTGATGCGGTTATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa > 2:2697852/1‑149 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa < 2:3908166/149‑1 (MQ=255) tttATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGa < 2:3515397/149‑1 (MQ=255) tATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACg > 2:3110505/1‑149 (MQ=255) aTTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGa > 1:4161699/1‑149 (MQ=255) ttGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGAt > 1:2279383/1‑149 (MQ=255) tGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGc < 2:1365397/149‑1 (MQ=255) tGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGc < 1:377012/149‑1 (MQ=255) gATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAccc < 1:2082017/149‑1 (MQ=255) | TGCGCCTTGACGCGACGGCAAGTCAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTACCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAGCACCAGTTTATTGATGCGGTGATAACCCTTAAACCGATAATAGAAACGCAGGGAACCAGCTTTATTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGCGGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTCGCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCC > CP009273/1247228‑1247524 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |