| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,471,707 | A→T | 53.9% | *769C (TGA→TGT) | ydbD → | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,471,707 | 0 | A | T | 53.9% | 53.8 / inf | 243 | *769C (TGA→TGT) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/64); new base T (64/67); total (112/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
AAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCAA > CP009273/1471566‑1471855 | aGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACg > 1:4460194/1‑149 (MQ=255) ggCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGt > 1:1127011/1‑149 (MQ=255) ggCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATTATTTGTCTTGATCCACAACGTAATGt > 1:454291/1‑149 (MQ=255) ggCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGt < 2:4283354/149‑1 (MQ=255) gCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGtt < 2:1817650/149‑1 (MQ=255) cTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGttt > 1:4277936/1‑149 (MQ=255) tGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGtttt < 2:4853010/149‑1 (MQ=255) agAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGtttt > 2:1068532/2‑149 (MQ=255) gAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGttttt < 1:1836186/149‑1 (MQ=255) aaCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTa < 2:1503995/149‑1 (MQ=255) aaCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTa > 1:501481/1‑149 (MQ=255) aaCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTa > 1:4303207/1‑149 (MQ=255) aCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTaa > 1:2687059/1‑149 (MQ=255) aCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTaa > 1:1993740/1‑149 (MQ=255) gTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACt > 1:3037401/1‑149 (MQ=255) tGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTa > 2:1872342/1‑149 (MQ=255) tGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTa < 2:2562253/149‑1 (MQ=255) aTCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATc < 2:3329568/149‑1 (MQ=255) tCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCt > 1:1551923/1‑149 (MQ=255) cTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGa > 2:474482/1‑149 (MQ=255) cTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGa > 2:2028672/1‑149 (MQ=255) cTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAAATATCTGa > 2:746709/1‑149 (MQ=255) cTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAAt < 1:1661468/149‑1 (MQ=255) tGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAAtt > 2:3552067/1‑149 (MQ=255) tGGCGATAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGGCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAAtt < 2:2879297/149‑1 (MQ=255) ggCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTg < 1:2990284/149‑1 (MQ=255) cGTTAGTGCTTGTTATCCCTGTACTGGTTTTAGTCCGACAGCTGGCGCTTAACGGTATGACGGGCGCTATACGGGATCTAGCGATTAGATATCTTGATGTGTTGTATTGTTCCACAACGTTATGTTTTTTATCTATCTGATTAATTggg < 2:4912624/149‑1 (MQ=255) cGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTggg < 2:3728486/149‑1 (MQ=255) gTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTgggg > 1:4051503/1‑149 (MQ=255) gTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTgggg < 2:1948650/149‑1 (MQ=255) ttAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGa < 1:3215625/149‑1 (MQ=255) ttAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGa < 2:4326072/149‑1 (MQ=255) agagCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATa > 1:3074233/1‑149 (MQ=255) agagCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATa < 1:1235992/149‑1 (MQ=255) gagCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATaa < 2:2805357/149‑1 (MQ=255) agCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGGTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAAt < 2:2311751/149‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCa < 1:376594/149‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCa < 1:4547502/149‑1 (MQ=255) tGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCAtt < 2:5121605/149‑1 (MQ=255) gTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTc < 1:4413695/149‑1 (MQ=255) ccTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACa > 2:222191/1‑149 (MQ=255) cTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAg < 2:4492087/149‑1 (MQ=255) aaCTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGa < 2:4128110/149‑1 (MQ=255) ggATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTcc > 2:2709913/1‑149 (MQ=255) ggATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTcc > 2:852322/1‑149 (MQ=255) aTTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTcccc < 1:4030518/149‑1 (MQ=255) tttAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCa > 1:1963450/1‑149 (MQ=255) ttAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCaa < 1:1687449/149‑1 (MQ=255) tAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAAt < 1:2230413/149‑1 (MQ=255) aGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGGAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATa > 1:1636833/1‑149 (MQ=255) tCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATAcc < 1:3915473/149‑1 (MQ=255) tCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATAcc > 1:3317078/1‑149 (MQ=255) tCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATAcc > 1:3410666/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCt < 1:2863502/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCtt < 1:1482189/149‑1 (MQ=255) gCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTg > 2:3854414/1‑149 (MQ=255) gCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTg > 2:1622365/1‑149 (MQ=255) cAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGat < 2:3124651/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGat < 2:167740/149‑1 (MQ=255) cAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGat < 1:1786843/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGata < 1:4933636/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGata > 1:2297724/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatat > 1:1187886/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatat > 1:1188309/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatat > 1:3580448/1‑149 (MQ=255) tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatatat > 1:5206830/1‑149 (MQ=255) tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatatat < 2:3225409/149‑1 (MQ=255) tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatatat < 1:2020141/149‑1 (MQ=255) gcgcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTc > 1:3282141/1‑149 (MQ=255) gcgcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTc < 1:3435572/149‑1 (MQ=255) cgcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCt < 1:4015048/149‑1 (MQ=255) gcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTg > 1:349697/1‑149 (MQ=255) ggTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAAttttt < 1:4127683/149‑1 (MQ=255) ggTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAAttttt < 1:922090/149‑1 (MQ=255) gTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACTTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGTGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTa < 2:4004061/149‑1 (MQ=255) gTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTa < 2:2344966/149‑1 (MQ=255) gTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTa < 2:651601/149‑1 (MQ=255) aGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATg < 2:5199020/149‑1 (MQ=255) aGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATg > 2:421662/1‑149 (MQ=255) aGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATg > 1:3635093/1‑149 (MQ=255) aGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAA‑TTTTAATGa > 1:4760966/1‑149 (MQ=255) gACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGATAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGa < 1:3875418/149‑1 (MQ=255) gcgcgcAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAAc < 2:2476353/149‑1 (MQ=255) cGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGc < 2:5041106/149‑1 (MQ=255) aaCAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGata < 2:1353198/149‑1 (MQ=255) aaGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATAtct > 1:1290650/1‑149 (MQ=255) aaGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATAtct < 2:1993890/149‑1 (MQ=255) aGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATAtctc > 2:1047373/1‑149 (MQ=255) aTGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTc < 2:4098686/149‑1 (MQ=255) tGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCa > 2:3883955/1‑149 (MQ=255) gataaaaCTTGATTTGTTTTATTGTTACACAACTTAATTTTTTTTAACTATCTTTTTAATTGGGTATAATCATTCCTGACAGTGTTTCCCCAATACCTTTATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAg < 1:1864526/146‑1 (MQ=255) gaAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAggg < 1:476251/149‑1 (MQ=255) aaaaCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAgggg > 2:3351728/1‑149 (MQ=255) aaaaCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAgggg < 2:1172477/149‑1 (MQ=255) atgaGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATg > 2:1597374/1‑149 (MQ=255) tGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCAt > 1:2632298/1‑149 (MQ=255) tGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCAt > 1:727008/1‑149 (MQ=255) gTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATa < 2:4187092/149‑1 (MQ=255) ttGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAgcg > 1:1921768/1‑149 (MQ=255) gATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCa > 2:536548/1‑149 (MQ=255) | AAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCAA > CP009273/1471566‑1471855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |