| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,538,906 | G→A | 8.2% | pseudogene (116/381 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,538,906 | 0 | G | A | 8.2% | 824.1 / 43.9 | 243 | pseudogene (116/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/106); new base A (11/9); total (128/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCC > CP009273/1538762‑1539053 | tttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGaaa > 2:158535/1‑149 (MQ=255) tttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGaaa > 2:2721189/1‑149 (MQ=255) tttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGaaa < 1:3340865/149‑1 (MQ=255) 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agagTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGttt > 2:2180979/1‑149 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt > 1:3735387/1‑149 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt > 2:1078208/1‑149 (MQ=255) gAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatta < 1:2721189/149‑1 (MQ=255) ttCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATggg < 1:2787271/149‑1 (MQ=255) cAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGa > 2:4674642/1‑149 (MQ=255) cAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGa < 1:271425/149‑1 (MQ=255) aaTGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAAt > 1:1987671/1‑149 (MQ=255) aTGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATa < 1:1355708/149‑1 (MQ=255) cAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTc > 2:4011577/1‑149 (MQ=255) aGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTcc < 1:3706600/149‑1 (MQ=255) aGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTcc > 1:91395/1‑149 (MQ=255) | TTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCC > CP009273/1538762‑1539053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |