| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,672,822 | A→T | 12.4% | N47Y (AAT→TAT) | ydgH → | DUF1471 family periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,672,822 | 0 | A | T | 12.4% | 726.7 / 25.4 | 234 | N47Y (AAT→TAT) | ydgH | DUF1471 family periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/161); new base T (29/2); total (71/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GATTATTTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGC > CP009273/1672674‑1672970 | gATTATTTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTa > 2:4532062/1‑149 (MQ=255) attattTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTaa < 1:2993501/149‑1 (MQ=255) attattTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTaa > 1:2613208/1‑149 (MQ=255) ttattTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAAt < 1:4158592/149‑1 (MQ=255) ttattTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTAt > 1:2084687/1‑149 (MQ=255) ttattTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTAt > 1:3819020/1‑149 (MQ=255) attTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGc < 2:3018401/149‑1 (MQ=255) attTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTAttc > 1:4168444/1‑147 (MQ=255) tttttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCt < 2:1405620/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 2:223112/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 1:81165/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 1:4714618/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 2:223223/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 2:772399/149‑1 (MQ=255) ttATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTAtt < 2:977832/149‑1 (MQ=255) tATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTg < 1:2106460/149‑1 (MQ=255) aTGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTgg < 2:1057987/149‑1 (MQ=255) tGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTTGc > 1:2158546/1‑149 (MQ=255) tGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGc > 2:1101371/1‑149 (MQ=255) tGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTATTTGc > 1:3386404/1‑149 (MQ=255) aaGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTATTTGCGa > 1:1127562/1‑149 (MQ=255) aGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGaa < 1:784181/149‑1 (MQ=255) gCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAg > 2:2749077/1‑149 (MQ=255) cTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTATTGGCGGAGc > 1:1638398/1‑149 (MQ=255) ttAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTGGCGAAGCg > 2:388189/1‑149 (MQ=255) aaGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTGGCGAAGCGGt > 2:2887653/1‑149 (MQ=255) gAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTGGCGAAGCGGTGa > 2:4284302/1‑149 (MQ=255) gAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGa > 2:1624369/1‑149 (MQ=255) cacCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGTAAg < 2:261080/149‑1 (MQ=255) acCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTGTATTTGCGAATCGGTGAAAGc > 2:4409142/1‑149 (MQ=255) cccTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGATACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGcc > 2:5137914/1‑149 (MQ=255) cctcctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGGTTATTCTATTTGCGCCGCGGGGGAAGCCg > 2:3967515/1‑149 (MQ=255) ctcctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGt > 2:3396955/1‑149 (MQ=255) cctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGttt < 2:4134520/149‑1 (MQ=255) ctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTtc < 1:1877826/149‑1 (MQ=255) ctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTTTTCTATTTGCGAAGCGGGGTAATCCCtttg > 1:3564030/1‑148 (MQ=255) ctGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGACAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTtc < 2:1990944/149‑1 (MQ=255) tGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTtct < 1:4529433/149‑1 (MQ=255) tGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTAGTGGCGACGCGGGGTAATCCGGTtct > 2:2434611/1‑149 (MQ=255) cGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTTATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCtcgt < 1:899243/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCtcgt < 1:3502970/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCtcgt < 2:5166789/149‑1 (MQ=255) gTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAATCCGTTTCtcgtc < 1:2749077/149‑1 (MQ=255) gTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTATTGGCGAAGCGGGGAAAGCCGTGTCtagtc > 2:923460/1‑149 (MQ=255) gCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCgcgc < 1:1247407/149‑1 (MQ=255) cACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCa < 1:4234821/149‑1 (MQ=255) aCTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTATTGGATTTGCGGAGCGGTGTAAGCCCGTTATCGTCGCGCac > 1:1008837/1‑148 (MQ=255) cTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGa < 1:3879839/149‑1 (MQ=255) cTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATaa < 1:1808490/149‑1 (MQ=255) tttCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATaaa < 1:4573448/149‑1 (MQ=255) tttCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATaaa < 1:4573822/149‑1 (MQ=255) tCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAaaga < 1:1609618/149‑1 (MQ=255) gCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAgg < 1:4910679/149‑1 (MQ=255) cTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGt < 2:3205223/149‑1 (MQ=255) tATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTTATTATATTTGCGAAGCGGTGAAATCCGTGTATAGGAGCGCCGataaataaaggg > 1:818503/1‑145 (MQ=255) tATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGGTTATTGTATTTGGGAAGCCGTGGAAGCCGGTTCTCGTCGCGCCGaaaaaaaatttg > 1:5107586/1‑145 (MQ=255) ttCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCctc < 2:1418361/149‑1 (MQ=255) ccGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCtttt < 2:1758748/149‑1 (MQ=255) aaCGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTAtgt < 1:5164618/149‑1 (MQ=255) gcagcaACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTTGCGAAGCGGTGTAATCCCGTTATCGTCGCGCCGATAAATAAGGTGCCGCCACGTTTTAtttttg > 2:599481/1‑147 (MQ=255) gcagcaACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTAtgttgt < 2:1671733/149‑1 (MQ=255) gcagcaACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTAtgttgt < 1:2307696/149‑1 (MQ=255) gcagcaACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTAATTCTATTTGCGAAGCGGTGAAAGCCCGTTCTCGTCGCGCCGATAAAAAATGTGCCCCCACTATTTAtgttgt > 1:3047444/1‑149 (MQ=255) gcaACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGa < 2:2309050/149‑1 (MQ=255) aaCAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTGTTTATGCTAATTGCGCAGCCGGGGAAGCCCGTTATCGGCGCGCAGAAAAAAAAGGTGCCGCCTCTTTTTATTTTTTCGaca > 2:9603/1‑149 (MQ=255) aCAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTTATTCTATTTGCGGAGCGGGGTAAGCCGGGTGTGGTGGCGCCGAGAAAAAAGGTGCCGCCGCTTTTTATTTTGTGGaaaa > 1:791782/1‑146 (MQ=255) aGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACtt < 2:1568755/149‑1 (MQ=255) gAACTGACACCGGATCAAGCGGCTGCGTTTAAACCTTTTTACCGTGTAGTGTTTACAGGTAGTTTTTATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTc < 2:3432779/149‑1 (MQ=255) tGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATTGTATTTGCGAAGCGGTGTAAGCCGTTTTTCGTGGCGCAGATAAATAATGTGCCGCCTCTTTTTATGTTTTGGACACATCTGAt > 2:2694651/1‑149 (MQ=255) tGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGAt < 1:1852674/149‑1 (MQ=255) acCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAAATGGATTTGCGCAGCGGGGAAAGCCCGTTCTCGGCGCGCGGATAAAAAAGGTGCCGCCACTATTTATTTTGTCTACACATCTGATTTTg > 2:1929458/1‑149 (MQ=255) ccGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTgg < 2:3532306/149‑1 (MQ=255) aGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAAc < 2:3243435/149‑1 (MQ=255) aGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAAc < 1:2263343/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACa < 2:2416277/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACa < 2:655108/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACa < 1:3165918/149‑1 (MQ=255) cGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGt < 1:3333744/149‑1 (MQ=255) ggCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTa < 2:14723/149‑1 (MQ=255) gCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTaa < 2:4832304/149‑1 (MQ=255) cAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAAc < 1:2600504/149‑1 (MQ=255) ggTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGc < 2:3151940/149‑1 (MQ=255) ttAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCgt < 1:2973808/149‑1 (MQ=255) aaaCCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCgtgt < 2:1279071/149‑1 (MQ=255) aaaCCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCgtgt < 2:4168444/149‑1 (MQ=255) ttttGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTTATTATATTTGCGAAGCCGTGAAAACCGTTTATCGTCGCGCAGATAAAGAATGTGCCGCCAATTTTTATGTTTTCGAAACATCTGATTTTTTTAAAAACGGTAAAATGCGTGTGGTCg > 2:4092599/1‑149 (MQ=255) tttGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGc < 1:4522965/149‑1 (MQ=255) cGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACct < 2:2999058/149‑1 (MQ=255) cGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACct < 1:677885/149‑1 (MQ=255) aGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCCTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCtata < 1:2706019/149‑1 (MQ=255) tGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATaaa < 1:1624079/149‑1 (MQ=255) ggTTACCGGTCGTTTTAATTCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTATCGTCGCGCAGAAAAATAAAGTGCCGCCACTTTTTATGTTGTCGACACATATGATTTTGGTAAAAACGGTAACAGGCGTGTGGTAGCTGAACCCAATaaat > 2:4657853/1‑148 (MQ=255) gTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGc < 2:3629699/149‑1 (MQ=255) gTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGc < 1:2887653/149‑1 (MQ=255) ccGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGAt < 1:146883/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGc > 2:3794929/1‑149 (MQ=255) ggTCGTTTTAATGCTATGGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGc < 2:5049784/149‑1 (MQ=255) gTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCt < 2:2265570/149‑1 (MQ=255) aaTGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGc > 2:2614631/1‑149 (MQ=255) aaTGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGc > 1:5023256/1‑149 (MQ=255) | GATTATTTTTATGAAGCTTAAGAACACCCTCCTGGCGTCGGCACTGCTTTCTGCTATGGCATTCTCCGTTAACGCAGCAACAGAACTGACACCGGAGCAAGCGGCAGCGGTTAAACCTTTTGACCGTGTAGTGGTTACCGGTCGTTTTAATGCTATTGGCGAAGCGGTGAAAGCCGTTTCTCGTCGCGCAGATAAAGAAGGTGCCGCCTCTTTTTATGTTGTCGACACTTCTGATTTTGGTAACAGCGGTAACTGGCGTGTGGTCGCTGACCTCTATAAAGCCGATGCTGAAAAAGC > CP009273/1672674‑1672970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |