| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 5,789 | A→C | 9.9% | L224R (CTG→CGG) | yaaA ← | peroxide resistance protein, lowers intracellular iron |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 5,789 | 0 | A | C | 9.9% | 594.6 / 33.5 | 249 | L224R (CTG→CGG) | yaaA | peroxide resistance protein, lowers intracellular iron |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/108); new base C (8/21); total (119/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CAGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATA > CP009273/5641‑5937 | aTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCg > 2:4909258/1‑149 (MQ=255) tAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGa < 1:3936718/149‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGAt < 1:2030155/149‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGAt < 2:1621292/149‑1 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGAttt < 2:2704404/149‑1 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTc < 2:1588702/149‑1 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaat < 2:4354154/149‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaataat > 1:4320873/1‑149 (MQ=255) cgccgcATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCaataat < 2:3995457/149‑1 (MQ=255) cgcATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGaa > 2:100474/1‑149 (MQ=255) cATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAAc < 2:1901601/149‑1 (MQ=255) cATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAAc < 1:1004061/149‑1 (MQ=255) tCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGa > 2:2186264/1‑149 (MQ=255) aCTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGAc > 1:5173389/1‑149 (MQ=255) ttAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCtt > 1:2943076/1‑149 (MQ=255) accGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCCGTTCGCCTTTGCTGTAGGAATCTTCATCAACGAATTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTc < 2:5248555/147‑1 (MQ=255) aCGCTGCTCGTAGCTTTTAAACCCCATTGCGCCTTTGCTGGAGCAATCTTCAACAAATAAGTAACCTGCGCTATAAAAACCAGTCAGTTGATCTGTTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCt < 2:2835151/149‑1 (MQ=255) ctgctCGTAGCTTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCGGGAGGAATCTTCATCAAAGATGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAg < 2:420792/149‑1 (MQ=255) tgctCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTCGc > 2:3279494/1‑149 (MQ=255) gctCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCg > 2:952723/1‑149 (MQ=255) tgCGTTTAAACACCTGTGCGCCTTTGCTGGAGTAATCTTCATAAAAGAAGTAACCTTCGATATTAAAACCCGTCAGTTGCTGTGGTTTGGACAGCCGATTTTAAATATTGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAg < 2:4551713/148‑1 (MQ=255) aGCGTTTAAACACCCGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAg < 2:744964/149‑1 (MQ=255) gcttttAAACACCAGTTCGCCATTGGTGTAGTAATCTTAATAAAAGATTAAACCTTCGATATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGTTCAGCCTATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGc < 1:2124227/146‑1 (MQ=255) tttAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtga > 2:1762762/1‑149 (MQ=255) tttAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtga > 2:4938404/1‑149 (MQ=255) tttAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtga > 2:817873/1‑149 (MQ=255) aaaCCCCCGTTCGCCTTTGCGGGAGTAATCTACATCAAACACGAAACCTCCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCTTTTTACAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgatga < 2:1087739/149‑1 (MQ=255) aaaCACCAGGTCGCCAGGGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCGGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCtgatga < 2:241691/149‑1 (MQ=255) acacCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATc > 2:2103216/1‑149 (MQ=255) ccctgtgcGCCTTTGCGGGAGTAATCTACAACAAAGAATTACCATTCGATATTAAAACCATTCTTTTGCTCTGGTTTGGACCGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCtt < 1:4993247/142‑1 (MQ=255) acCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCtt > 1:3040838/1‑149 (MQ=255) gTTCGCATTTGCTGGTGGAATCTTCAACAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCTGTCTGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAAt < 2:1158060/149‑1 (MQ=255) cGCCATGGCTGGTGGAATCTACATCAAAGAATTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTg < 2:4533331/149‑1 (MQ=255) gCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGc > 1:1063035/1‑149 (MQ=255) gCTGGAGTAATCTTCATCAAATAATTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGACAGCCGATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGttct < 2:590837/149‑1 (MQ=255) cTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGttctt > 1:4996297/1‑149 (MQ=255) tGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGttcttc > 1:521765/1‑149 (MQ=255) tGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGttcttc > 1:1750460/1‑149 (MQ=255) ggaggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTtcttct > 1:85189/1‑149 (MQ=255) gaggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTtctc > 2:2153707/1‑149 (MQ=255) gaggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTtctc > 2:4213420/1‑149 (MQ=255) gaggaATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTtctc > 2:4213327/1‑149 (MQ=255) aggaATCTTCCTCAACGAAGTAACCTTCGCTATAAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCa < 2:2980369/149‑1 (MQ=255) ctacatcaACGAAGAAACCTGCGATATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAgg < 2:4720892/146‑1 (MQ=255) cTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCATTCTGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCGGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAgg < 2:1082149/149‑1 (MQ=255) cTTAATAAAATAAGTAACATTCTATATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCTTTTTTAAATAATTACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAgg < 1:4908552/149‑1 (MQ=255) catcaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGTTTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAac < 2:642277/149‑1 (MQ=255) catcaAAGAAGTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAac < 2:5198913/149‑1 (MQ=255) cataaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCGGTTTTGGACAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAac < 2:1014507/149‑1 (MQ=255) atcaAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAaca > 1:3408360/1‑149 (MQ=255) tcaAATAATTAACCTTCGATATTAACACCATTCATTTGCTGTGGTTGGGTCAGCCGTTTTTCAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAacac < 1:4630371/149‑1 (MQ=255) caAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACAcc < 2:3931154/149‑1 (MQ=255) aaaTAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCg < 2:4530550/149‑1 (MQ=255) aaaGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCg > 1:1405971/1‑149 (MQ=255) aagaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAATTTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCgg > 2:1473145/1‑149 (MQ=255) gaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCt > 1:3674905/1‑149 (MQ=255) gaagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCt < 2:352479/149‑1 (MQ=255) aagTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCtt > 1:4420362/1‑149 (MQ=255) gTAACCTTCTCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTGTGGTTTGGTCAGCCTTTTTAAAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGa < 1:3745307/149‑1 (MQ=255) gTAACCTTCGATATTAAAACCAGTCAGTTGCTGTGTTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGa < 2:2383626/149‑1 (MQ=255) tAACCTTCGCTATTAAACCCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGACAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGAt < 2:4489968/149‑1 (MQ=255) tAACCTGCGCTATTAAAACCCGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGAt < 2:2911498/149‑1 (MQ=255) aaaCCTTCGCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGGTTTGGTCCGCCGTTTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGAt < 2:1386148/148‑1 (MQ=255) aaCCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCCGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATa > 1:1118153/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATaa > 2:4800555/1‑149 (MQ=255) aCCTTCGCTAATAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCCGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATaa < 2:682690/149‑1 (MQ=255) ccTTCTATATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGTTTTGGTCCGCCTTTTTTAAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAt < 1:2554087/149‑1 (MQ=255) ccTTCGCTATTAAAACCAGTCTGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCTATTTAAAATATTGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAt < 1:2554349/149‑1 (MQ=255) ccTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCCGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTATCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAt > 2:2373432/1‑149 (MQ=255) ccTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATTAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAt < 2:2727303/149‑1 (MQ=255) ccTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTATCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAt > 1:4497881/1‑149 (MQ=255) cTTCGCTATTAAAACCAGTCCGTTGCTCTGTTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAtc < 2:5076005/149‑1 (MQ=255) cTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCCGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAtc < 2:1181484/149‑1 (MQ=255) tCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAAtctc < 2:2122141/149‑1 (MQ=255) gatATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGTTCAGCCTATTTTCAATAATTACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCgg < 1:1553544/147‑1 (MQ=255) atATTAAAACCTGTCTGTTGCTGTGGTTTGGTCAGCCTTTTTACAAAAATCACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGc < 1:100474/148‑1 (MQ=255) aTTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCAt > 2:2552241/1‑149 (MQ=255) ttAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCAtt > 2:2061776/1‑149 (MQ=255) tAAAACCAGTCAGTTGCTGTGTTTTGGTCAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTc < 1:3351389/149‑1 (MQ=255) aaaCCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCaa > 2:722284/1‑149 (MQ=255) aaaCCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCaa > 1:3172719/1‑149 (MQ=255) acccAGTCAGTGGCTGTGGTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAAGGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAt < 2:3672201/147‑1 (MQ=255) aaCCTGGCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAt < 2:3324375/149‑1 (MQ=255) cctgtctgtTGCTGTGTTTTGGTCCGCCTATTTTAAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAGCACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAttt < 2:488481/146‑1 (MQ=255) ccAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAttt > 1:740636/1‑149 (MQ=255) ccAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAttt > 1:4767004/1‑149 (MQ=255) ccAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAAttt < 2:3020242/149‑1 (MQ=255) agtcagtTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttct > 1:1555379/1‑149 (MQ=255) agtcagtTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATttct > 1:387449/1‑149 (MQ=255) agtTGATCTGGTTTGGTCAGCCTATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCgg < 1:1682137/149‑1 (MQ=255) ttGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCt > 1:4390887/1‑149 (MQ=255) ttGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCt > 1:2247581/1‑149 (MQ=255) tggCTGTGGTTTGGTCAGCTTATTTTAAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCt < 1:2715218/147‑1 (MQ=255) tGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGACACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCtt < 2:419799/149‑1 (MQ=255) tGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTAAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCtt < 2:4485218/149‑1 (MQ=255) ggTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGa > 1:2228274/1‑149 (MQ=255) tttGGTCAGCCGATTTTAAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGAtt < 1:1309737/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTaa < 1:3174693/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTaaa < 2:4655394/149‑1 (MQ=255) gTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTaaa < 2:3041251/149‑1 (MQ=255) | CAGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCATTGACTGCAAACTTAACGCTGCTCGTAGCGTTTAAACACCAGTTCGCCATTGCTGGAGGAATCTTCATCAAAGAAGTAACCTTCGCTATTAAAACCAGTCAGTTGCTCTGGTTTGGTCAGCCGATTTTCAATAATGAAACGACTCATCAGACCGCGTGCTTTCTTAGCGTAGAAGCTGATGATCTTAAATTTGCCGTTCTTCTCATCGAGGAACACCGGCTTGATAATCTCGGCATTCAATTTCTTCGGCTTCACCGATTTAAAATA > CP009273/5641‑5937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |