| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,129,796 | C→A | 5.3% | R310L (CGT→CTT) | wza ← | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,129,796 | 0 | C | A | 5.3% | 1433.6 / 38.8 | 369 | R310L (CGT→CTT) | wza | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (174/175); new base A (9/11); total (183/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
CAACTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGTCGATGCCTTCAGCATTGCCCAGGGCTTCAGTCAGGGTCATGCCGCTAAAGTCCATTTTCAGGGTGCTCTGTTTCTTCACTTCACC > CP009273/2129648‑2129944 | cTGATTGATCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAcgcc < 1:4119258/149‑1 (MQ=255) tgatCAGACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACgcccgccc < 1:3451659/149‑1 (MQ=255) gACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCt > 2:1676668/1‑149 (MQ=255) gACGGTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCt > 1:4613258/1‑149 (MQ=255) ggTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAAGCCCGCCCTCGCCTTTc < 2:3767469/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCa < 1:4977900/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCa < 1:4977677/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTAATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCa < 1:3922521/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAg > 2:3454372/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGc < 2:5105627/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAAGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCg > 2:2849545/1‑149 (MQ=255) gCGGGAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGAc > 2:2173219/1‑149 (MQ=255) gggAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGa > 1:975527/1‑149 (MQ=255) gAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAAt > 1:664722/1‑149 (MQ=255) gAAACCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAAt > 2:3972457/1‑149 (MQ=255) aaaCCGGGGCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATg < 1:1001865/149‑1 (MQ=255) ggggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACaaa > 2:4266049/1‑149 (MQ=255) gggCGGTGGTGACATACACCACGTCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACCTATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGACTGACAAAg > 2:5231238/1‑149 (MQ=255) 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tCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggtggt > 2:2926277/1‑149 (MQ=255) tCATAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTAAGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAggtggt < 1:4466863/149‑1 (MQ=255) aTAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCa > 1:1282310/1‑149 (MQ=255) tAAGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCAt < 2:776267/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCAGGCGGAATTCTGTCGCCATCACCAGCGACGTGGCATCGGACATATCCAGCTGGTAGATATTGGCAATCTTGCCGTTACGCCCGCCCTCGCCTTTCAGCGGACGAATGACAAAGATGCCGCTGGCGTTGGAGGTGGTCATGt > 1:3852022/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |