| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,463,906 | C→A | 14.2% | Q433K (CAA→AAA) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,463,906 | 0 | C | A | 14.2% | 384.6 / 14.0 | 137 | Q433K (CAA→AAA) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/80); new base A (23/2); total (55/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGC > CP009273/2463760‑2464054 | taTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGa < 1:4951861/149‑1 (MQ=255) aTCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGaa > 2:880741/1‑149 (MQ=255) tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATTAAAAAAataaaataaa > 1:5176525/1‑149 (MQ=255) tctcTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTATTTTATTAAATAATTAAAATaaa > 1:3058965/1‑149 (MQ=255) ctctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTAtaaaaaaaataaaaaaaaa > 1:143951/1‑148 (MQ=255) tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTATAAAATAATTAAAATaaaag > 2:1326392/1‑147 (MQ=255) tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTTTTTATAAAAAAATTATAATAAAta > 2:1326495/1‑148 (MQ=255) tctTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAATTAaaataaata > 2:2949018/1‑148 (MQ=255) ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTCTAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:2155856/149‑1 (MQ=255) ggAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACaa < 1:4615691/149‑1 (MQ=255) gAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTTTTAAATAAATAAAATAAATAAAAAAAAt > 1:1020497/1‑149 (MQ=255) tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 1:4056225/149‑1 (MQ=255) tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 1:4151107/149‑1 (MQ=255) tctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGa < 2:1336731/149‑1 (MQ=255) ctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGAt < 1:701787/149‑1 (MQ=255) ctcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGAt < 1:486291/149‑1 (MQ=255) tcAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATg < 1:3401966/149‑1 (MQ=255) aTTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCGAGACAATAGCGATGTaa < 2:1080454/149‑1 (MQ=255) ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGc < 2:3765403/149‑1 (MQ=255) ttATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGc < 2:1587317/149‑1 (MQ=255) tATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGAATTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCa < 1:3910142/149‑1 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTAAAAAAAAAAAATAAAAAATCCATGTAAAGCACTaa > 2:630666/1‑149 (MQ=255) tgtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTaa < 2:3086183/149‑1 (MQ=255) gtCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAATACAAAAGCGATTTAAATCACaaaa > 2:1288600/1‑148 (MQ=255) ttCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAAt < 2:3974055/149‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAATAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATGTTAATAACAAAA‑TTTAAAttta > 2:3167704/1‑147 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑gc < 2:961832/149‑1 (MQ=255) ggggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑gc < 2:3942446/149‑1 (MQ=255) gggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAAAAGCGATGTAAAGCACGAAG‑TTTAAATT‑tcg > 2:5148513/1‑149 (MQ=255) tgAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATTTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑gcgc < 1:1976112/148‑1 (MQ=255) ggAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTAATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAAAACAAAAAATCGATGTTAAGGCCAAAG‑GTTAAAtttagc > 1:5129924/1‑145 (MQ=255) ggATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTTATTTTTTAAATAATTCAAATAAAAAAAGACCAAATCGATGTGAATCACGAAG‑TTTTATTT‑TAGCGccc > 2:3682232/1‑148 (MQ=255) ggATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAAAAAACAAGAAAAAATCGATTTAAAGCACAAAT‑TTTAAATT‑GCGCGCCa > 2:2588487/1‑149 (MQ=255) gATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCaa < 1:4590268/149‑1 (MQ=255) atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAAt < 1:2346623/149‑1 (MQ=255) ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCa < 2:5097806/149‑1 (MQ=255) taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCAt < 1:5201715/149‑1 (MQ=255) taGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCAt < 1:2023544/149‑1 (MQ=255) atattttttttGGATTTTTTTTTTCGTTCTACTTTTTCTTATAAATAACTTTTTTTTTTTTATTTTATAAATTAATTAAAATAAATAAATACAATCGCTATGTAAAGAACTAAT‑TTTAATTT‑GCGCGCAAATCATGGCGCGCACAAGCt < 1:34759/145‑1 (MQ=255) atttGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATAc < 1:3458936/149‑1 (MQ=255) ggAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAAGACAATATCGATGTAAATCACTAAG‑TTTAAATT‑TCGCGCCCAACATGGCGCGCACAAGCGATAATACCaaa > 2:3451866/1‑148 (MQ=255) aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTa < 2:861567/149‑1 (MQ=255) aTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAAATAAAAGAAATAAATAAAAAATCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑TCGCGCCAAAAATGGCGCGCACAAGCAATAAAAACAAccaa > 2:3437792/1‑147 (MQ=255) tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTGTTTTTTATTTATAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGATGGTAAACAAAAAGTTTTAAATTAGCGC‑CCCACCAT‑GCGCGCCCAAGCAATAATAACaaaaacaaa > 1:2170122/1‑142 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAttt < 2:3325242/149‑1 (MQ=255) tttCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTtctc < 2:1081100/149‑1 (MQ=255) gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcc < 2:1630050/149‑1 (MQ=255) ttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 1:5122304/149‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 2:3829259/149‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGATTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:861757/149‑1 (MQ=255) tcgACCTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATTTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcctc < 1:4219416/149‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCctct < 2:35722/149‑1 (MQ=255) gACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:491805/149‑1 (MQ=255) aCCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATATCGATGTAAATCACTAAG‑TTTTAATT‑TAGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTCTAAAAACAAACACAAATATCCTCCTCTTa > 2:4327172/1‑149 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:4681704/149‑1 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:2065991/149‑1 (MQ=255) tttGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTagag < 2:4794168/149‑1 (MQ=255) tgattATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTg < 2:3839075/146‑1 (MQ=255) ataCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACtat < 2:1331892/149‑1 (MQ=255) taCATAACAGTCGTTTTTTTTATTTATAAAAAAATTGAAAAAAATAAAAAAAAAATCGATGTTAATCAATAAG‑TTTAAATT‑TGGCGCCAATCAAGGCGCGCCCAAGCAATAATAACAACAAAAATTATACTCCACTTATAGttaataaa > 2:2540903/1‑142 (MQ=255) taCATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATAAAGAAAAAAGCGATGTAAAGCAATAAG‑TTTAAATT‑TCGCGCCAAACATTGCGCGCACCAGCTATAAAACCAACCAAAATTCTACAACTAGTAGAGTGAAtaaa > 2:2540743/1‑147 (MQ=255) aTAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtct < 1:3660948/149‑1 (MQ=255) tAACAGTCTTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 1:1457474/149‑1 (MQ=255) tAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATATTTAAAAGAAATCAAGAAAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAATTT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 1:4967161/149‑1 (MQ=255) tAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATAtctc < 1:4222419/149‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGAAAAAAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGGCAATCCTGGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCAAATTTATCCTCCGCTTATAGTGACTAAATATACTGATa > 1:1202815/1‑149 (MQ=255) gTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGa > 2:1159792/1‑149 (MQ=255) ttttttaAATTTATAAAATAATTCAAATAAATAAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGaa < 1:4933341/149‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:4624892/149‑1 (MQ=255) ttttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAAt < 2:4624779/149‑1 (MQ=255) ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCTATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:2991177/149‑1 (MQ=255) ttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:2991193/149‑1 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg < 2:1974531/149‑1 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCgg < 1:5111137/149‑1 (MQ=255) aaTTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt < 1:4813703/149‑1 (MQ=255) taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 1:559542/1‑149 (MQ=255) taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 2:2310173/1‑149 (MQ=255) taAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGAc > 2:4826680/1‑149 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCACTCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:3785609/1‑149 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCCGGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:2533384/1‑149 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa < 2:115706/149‑1 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:4394313/1‑149 (MQ=255) aaaTAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTa > 1:4394321/1‑149 (MQ=255) aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCTCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGTTAGAATTGCGGTATTGACTAt > 1:1583928/1‑149 (MQ=255) aataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTAt < 2:2677240/149‑1 (MQ=255) ataatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATc < 2:3619654/149‑1 (MQ=255) taatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCa > 2:226788/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCACTCATTGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3109664/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATTGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:3109753/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 1:531276/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa > 2:4967570/1‑149 (MQ=255) aatTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaa < 1:3233208/149‑1 (MQ=255) atacAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCaaa < 1:2915673/146‑1 (MQ=255) ttCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAT‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:3566651/149‑1 (MQ=255) ttCAAATAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAAt < 1:5078723/149‑1 (MQ=255) tCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATg > 2:4687323/1‑149 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 2:143951/149‑1 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc < 2:144027/149‑1 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 1:2857814/1‑149 (MQ=255) cAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGc > 2:2898807/1‑149 (MQ=255) | TAGTATCTCTTTTTGGAATATCTCAATTTTATGTGTCATTTTTCGGGGAAGGATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAG‑TTTAAATT‑GCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGC > CP009273/2463760‑2464054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |